از جمله اشکالات این کتاب آن است که تفسیر آیه را مستقیما به امام معصوم نسبت می‌دهد در حالی که روایات را صرفا در کتابی منسوب به امام حسن عسکری علیه السّلام یافته است. مثلا می‌گوید: «امام عسکری علیه السّلام در تفسیر آیه فرموده است ...» و این، گونه‌ای بی‌احتیاطی است که برخلاف شیوه پارسایان می‌باشد. [١]
در این تفسیر به همه آیات قرآن پرداخته نشده و تنها آیاتی تفسیر شده است که در ذیل آنها روایتی- و لو مربوط به یک کلمه آن- نقل شده باشد؛ لذا این کتاب علاوه بر ایرادهای پیشگفته، همچون ضعف اسناد، ذکر روایات مرسل و بی‌اعتباری اغلب منابع، تفسیری ناپیوسته است و نیز مؤلف در آنجا که روایات متعدّد باشد و احیانا در تعارض باشند در مقام توجیه بر نیامده و در جهت تأویل یا رفع تعارض آنها کوششی نکرده است.

شیوه وی در تفسیر

وی تفسیر خود را با مقدمه‌ای آغاز کرده است که در آن درباره فضیلت دانش و جوینده آن، فضیلت قرآن، حدیث ثقلین، نهی از تفسیر به رأی، ظاهر و باطن قرآن، اقسام کلام در قرآن و مطالبی از این قبیل نکاتی چند را نگاشته است.
او بعد از این مقدمات، تفسیر خود را با آنچه در مقدمه تفسیر منسوب به علی بن ابراهیم قمی آمده است شروع می‌کند و در آن از انواع و اصناف آیات- بنا به ترتیبی که در تفسیر منسوب به محمد بن ابراهیم نعمانی [٢] آمده است- سخن می‌گوید. سپس بترتیب سوره‌ها به تفسیر آیات می‌پردازد؛ به این ترتیب که ابتدا آیه را ذکر می‌کند و پس از آن، روایات مأثور از امامان معصوم علیهم السّلام درباره آیه را می‌آورد، ولی درباره قوت و ضعف اسناد و درستی و نادرستی روایات، اظهار نظری نمی‌کند.
البته این سخن بدان معنا نیست که همه روایات این تفسیر بی‌ارزش و از درجه اعتبار ساقط باشد بلکه گاه، احادیثی درخشان، و کلماتی گهرسان که قطعا از اهل بیت عصمت یعنی راهنمایان امّت و چراغهای روشنی‌بخشی در ظلمت صادر شده است وجود دارد؛ روایاتی که نشاننده عطش مشتاقان و شفابخش جان خسته‌دلان

[١] به عنوان مثال ر. ک: ج ١، ص ٧٣، ٧٨، ٧٩، ٩١ و جز آن.
[٢] تفسیر نعمانی رساله‌ای مجهول النسب است که تاکنون نگارنده آن ناشناخته مانده است.