گرفته بود ، در ردیف اصول عقاید مذهبی قرار داد و مخالفت با آن " علوم‌ رسمی " را جایز نمی شمرد ، بلکه به شدت با مخالفان آن عقاید مبارزه‌ می‌کرد . ما فعلا به مسأله آزادی مذهب و عقاید مذهبی و اینکه اصول عقاید مذهبی‌ اجبارا باید آزادانه مورد تحقیق واقع شود و گرنه با روح مذهب که هدایت‌ و راهنمایی است منافی است ، کاری نداریم . اینکه اصول دین باید تحقیقی‌ باشد نه تقلیدی و یا تحمیلی ، تزی است که اسلام طرفدار آن است ، برخلاف‌ مسیحیت که اصول دین را برای عقل ، " منطقه ممنوعه " اعلام کرده است . خطای عمده کلیسا در دو جهت دیگر بود : یکی اینکه کلیسا پاره‌ای‌ معتقدات علمی بشری موروث از فلاسفه پیشین و علمای کلام مسیحی را در ردیف‌ اصول مذهبی قرار داد و مخالفت با آنها را موجب ارتداد دانست ، دیگر اینکه حاضر نبود صرفا به ظهور ارتداد اکتفا کند و هر کس که ثابت و محقق‌ شد مرتد است ، او را از جامعه مسیحیت طرد کند ، بلکه با نوعی رژیم‌ پلیسی خشن در جستجوی عقاید و مافی الضمیر افراد بود و با لطائف الحیل‌ کوشش می‌کرد کوچکترین نشانه‌ای از مخالفت با عقاید مذهبی در فردی یا جمعی‌ پیدا کند و با خشونتی وصف ناشدنی آن فرد یا جمع را مورد آزار قرار دهد . این بود که دانشمندان و محققان جرأت نداشتند برخلاف آنچه کلیسا آن را علم می‌داند بیندیشند ، یعنی مجبور بودند آنچنان بیندیشند که کلیسا می‌اندیشد . این فشار شدید بر اندیشه‌ها که از قرن ١٢ تا ١٩ در کشورهای‌ فرانسه ، انگلستان ، آلمان ، هلند ، پرتغال ، لهستان و اسپانیا معمول بود ، بالطبع عکس العمل بسیار بدی نسبت به