برخى از ايشان از مشايخ همروزگار پدرش و برخى از همروزگاران خود او بوده‌اند. از اين شماراند: ملّا محسن فيض كاشانى (درگذشته به ١٠٩١)، ملّا صالح مازندرانى (درگذشته به ١٠٨٠)، شيخ حرّ عاملى (درگذشته به ١٠٩٦)، ملّا محمّد طاهر قمى (درگذشته به ١٠٩٨). البتّه مجلسى خود در اجازه‌نامه‌اش به اردبيلى، نويسنده جامع الرّواة، مى‌نويسد: «طرق من به مؤلّفان آثار فراتر از شمار است».

نكته‌اى كه از حيث شناخت مايه‌هاى علمى و گرايشهاى مجلسى حائز اهمّيّت است، پيوند علمى- فكرى او با طائفه‌اى از عالمان جبل عامل است كه در روزگار صفوى به ايران كوچيدند، و روى هم رفته، نمودار يك نوع نگرش و دريافت علمى و دينى ويژه‌اند. حتّى غور مجلسى در حديث‌شناسى و حديث‌پژوهى، بى‌گمان، با كوششها و گرايشهاى حديث‌پژوهانه پدرش بى‌پيوند نبود، و پدرش در اين شاخه- چنان كه خود نيز اشارت كرده- از ارشاد و هدايت شيخ بهاء الدّين محمّد عاملى، مشهور به شيخ بهائى، تأثير پذيرفته است.

علامه محمّد باقر مجلسى- چنان كه خود تصريح نموده- با دانشهاى گوناگون آشنا بوده و در هر كدام دستى داشته است. با مراجعه به اجازه‌نامه‌هاى او بى‌هيچ ترديد مى‌توان دانست كه وى حتّى علوم عقلى را نيز تدريس مى‌كرده است.

شگفت نيست كه حكيم مايه‌ور و دانش‌شناسى چون ملّا محسن فيض كاشانى در اجازه‌نامه خود به مجلسى، او را «جامع علوم عقلى و نقلى» خوانده است.

بيشترينه عمر مجلسى به تدريس و تحقيق و تأليف سپرى شد و حتّى در سفر حج يا در سفرهاى زيارتى به مشهد و عتبات عراق، اين بار را بر زمين نگذاشت و در دو دهه پايانى زندگى هم كه مسئوليّتهاى رسمى مهمّى را پذيرفته بود، از نگارش و پژوهش باز نماند.

مير عبد الحسين خاتون‌آبادى، صاحب وقائع السّنين و الأعوام، كه در گزارش رخدادهاى سال ١٠٩٨ به انتصاب علّامه محمّد باقر مجلسى به سمت شيخ الإسلامى در روز شنبه چهارم جمادى الاولى اشاره مى‌كند، در گزارش رخدادهاى سال ١٠٣٧، چنين قلم زده است: «تا حال كه روز پنجشنبه نوزدهم صفر است از سنه ١١٠٤، بحمد اللَّه تعالى، عامّه و خاصّه اهل روزگار از افادات و كتب او مستفيد مى‌شوند».