برخى از نسخ خطى مورد مقابله آيت اللّه شبيرى زنجانى عبارتند از: ـ نسخه شيخ محمد صالح مازندرانى، به خط حسين بن حاجى محمد استرابادى در تاريخ ٨٩١ نگاشته و در همان سال مقابله شده با دو نسخه صحيح و نيز با نسخه مصححه كه بر شيخ بهايى قرائت شده در سال ١٠٤٥ مقابله شده است. اين نسخه سپس به كتابخانه آستان قدس رضوى اهدا شده است. ـ نسخه شيخ حسين بن عبد الصمد (پدر شيخ بهايى) كه در نزد مرحوم آيت اللّه خادمى بوده است. بر اين نسخه علائم مقابله از شيخ حسين بن عبد الصمد به تاريخ ٩٥٩ و ديگران ديده مى شود، در برخى از اجزاء نسخه نام كاتب محب اللّه بن محمد بن على اتابك البهمنى و تاريخ كتابت آن جزء، ٩٦٠ ديده مى شود. ـ نسخه سيد على خان مدنى، كه در مدرسه سعادت قم نگاهدارى مى شود. ـ نسخه ملا فتح اللّه مفسر كه در كتابخانه فيضيه قم نگاهدارى مى شود، اين نسخه بتاريخ ٩٨٠ (و برخى اجزاء آن بتاريخ ٩٩٨) نگاشته شده و با نسخه مصححه اى مقابله شده است. ـ نسخه شير احمد بن عبد الملك تونى كه نزد حجة الاسلام و المسلمين كاظم مدير شانه چى بوده است. ـ نسخه شيخ حر عاملى كه به خط سالم الجزائرى در ١٠٧٢ نگاشته شده و توسط صاحب وسائل در تاريخ ١٠٧٤ تصحيح شده است، ناسخ، اين نسخه را بر صاحب وسائل سماع داده است. ـ نسخه نباطى، اين نسخه توسط احمد بن على بن حسن مشهور بابن موسى نباطى با نسخه اى كه با نسخه شهيد ثانى مقابله شده مقابله گرديده است. تاريخ يادداشت مقابله ٩٧٣ مى باشد. ـ نسخه ملا فتح اللّه مفسّر، كتابخانه آيت اللّه مرعشى رقم ٣٧٢، اين نسخه بتاريخ ٩٧٢ نگاشته شده است و علامت بلاغ در آن ديده مى شود.