متأخرين پنج هزار و هفتاد و دو حديث است و حسان صد و چهل و چهار حديث است و موثقات هزار و صد و شانزده حديث است و قوى سيصد و دو حديث است و ضعاف نُه هزار و چهارصد و هشتاد و پنج حديث است و در سال سيصد و بيست و نه يا بيست و هشت كه سنه تناثر نجوم به ارض است، آن جناب وفات يافت و وفاتش در بغداد اتفاق افتاد و در مقبره اش در باب الكوفه مدفون شد و محمد بن جعفر حسينى كه ملقب به ابو قيراط است بر او نماز گذارد. سيد هاشم بحرانى متقدم در كتاب روضة العارفين گفته كه بعضى از ثقات از علماى معاصرين گفته اند كه شخصى از حكام بغداد بناى قبر محمد بن يعقوب كلينى را ديد و سؤال كرد كه اين قبر كيست؟ گفتند كه قبر يكى از علماى شيعه است. پس امر كرد كه آن را خراب كردند و قبر را شكافتند ديدند كه آن بزرگوار با كفن باقى مانده و نپوسيده و با او طفل كوچكى با كفنش مدفون است پس امر كرد تا اين كه دفن كردند و بر آن قبه بنا نهادند ولى الآن قبر معروف و مزار و مشهد است تا اين جا كلام سيد هاشم بود و بعضى از مشايخ كه گويا سيد نعمت اللّه جزايرى باشد گفته است كه سبب حفر آن قبر مطهر آن بود كه شخصى از حكام بغداد ديد كه مردمان به زيارت ائمه عليهم السلام مفتون مى باشند پس بغض و عداوت اهل بيت او را بر آن داشت كه قبر اطهر حضرت موسى بن جفعر عليه السلام را حفر كند و گفت كه اگر اعتقاد شيعه حق است پس او الآن در قبر موجود است والا مردم را خواهيم از زيارت قبور ايشان منع نمود پس بعضى به آن حاكم گفتند كه در اينجا مردى از علماى ايشان كه از اقاطاب ايشان است مدفون است و اعتقاد ايشان آن است كه قبر علماى ايشان نيز محفوظ و بدن ايشان هم متغير نمى شود پس قبر آن عالم را كه محمد بن يعقوب كلينى است بشكافيد پس آن قبر را شكافته ديدند كه محمد بن يعقوب كلينى به همان هيئت خود مدفون است و هيچ تغييرى در او راه نيافته پس امر كرد كه بر قبرش قبه عظيمى و بناى قويمى بنا كردند و آنجا مزار مشهورى شد و براى محمد بن يعقوب كلينى تأليفاتى نيز نقل شده از آن جمله كتاب كافى است كه مانند شمس فى رابعة النهار است و كتاب رسائل الأئمة و كتاب ردّ بر قرامطه و كتاب تعبير رؤيا و كتاب رجال و كتاب آنچه گفته شده در ائمه از شعر رحمه اللّه تعالى و أسكنه فى غرفات الجنان.