علمى شيعه را در رى ترك مى گويد و محل زندگى و خانوادگى خود را رها مى كند، اقوام و عشيره را كه همه از بزرگان ناحيه رى بودند و مقام و منزلت بزرگى داشتند ترك مى نمايد. گروهى گفته اند او براى نوشتن كتاب كافى به بغداد رفت، در آن زمان جماعتى از بزرگان شيعه و اصحاب ائمه عليهم السلام هنوز در بغداد و كوفه زندگى مى كرده اند، آنها كتاب ها و نسخه هايى از مؤلفان قديم را در دست داشته اند، كلينى براى استفاده از آن نسخه ها براى نوشتن كتاب كافى عازم بغداد شده است. با كمال تأسف شرح حال جامعى از وى در دست نيست، تنها منبع ترجمه او فهرست شيخ طوسى و رجال نجاشى مى باشند، آنها هم به اختصار از وى نام برده اند، ديگران هم چيزى در دست نداشته اند تا بياورند، مرجع همه سخنان و گفته ها به فهرست طوسى و رجال نجاشى مى رسد. از زندگى خصوصى و خانوادگى او اطلاع درست و مشروحى در دست نيست، تنها به اين اكتفاء شده كه آنها از محدثان و راويان و وجوه و اعيان ناحيه رى بوده اند، از تاريخ تولد كلينى رضى الله عنه و آغاز زندگى او و هنگام تحصيل در كلين و رى و از اساتيد و معلمان او در مصادر و منابع چيز نيست و تنها از مشايخ اجازه او نام برده شده است. نام او براى نخستين بار در فهرست شيخ ابو جعفر طوسى آمده و چند سطرى درباره او و آثارش نوشته شده و بعد وفات او در بغداد و محل قبرش آمده است و بعد هم نجاشى در رجال خود او را عنوان مى كند و بعد از تجليل از وى مختصرى از حالات او را بيان كرده است، و بعد از آن هر چه هست از آن دو نفر گرفته شده است.

كلينى در بغداد

محمد بن يعقوب كلينى رضى الله عنه رى را به قصد بغداد ترك مى كند، او براى تأليف كتاب كافى و يا ملاقات با سفيران امام مهدى عليه السلام و يا كارى ديگر كه براى ما معلوم نيست به بغداد مى رود و در آنجا در محله دروازه كوفه در بغداد رحل اقامت مى افكند. ابوجعفر كلينى قبلاً در ميان جامعه شيعه و محدثان و راويان اهل بيت عليهم السلام معروف