وله مؤلفات كثيرة (جلّها في الفقه)، منها: رسالة النجمية(ط) في علم الكلام والفقه، اثنتا عشرة مسألة (ط) وهي رسالة تحتوي على مسألتين في الكلام وواحدة في المنطق و الباقي في الفقه، نفحات اللاهوت(ط)، جواب السؤال عن إثبات المعدوم، رسالة في تحقيق الفرقة الناجية، إثبات الرجعة، المطاعن المجرمية في ردّ الصوفية، جامع المقاصد في شرح القواعد(ط) في الفقه، قاطعة اللجاج في حلّ الخراج(ط)، العدالة (ط)، صيغ العقود والإيقاعات(ط)، الرضاعية(ط)، والأرض المندرسة(ط)، وغيرها كثير.

وللشيخ محمد الحسون موسوعة«حياة المحقّق الكركي وآثاره ـ ط» في اثني عشر مجلداً، جمع في المجلد الثالث منها ما استخرجه من فوائد وآراء للكركي في شتّى العلوم ومنها علم الكلام، كان قد أودعها في مؤلفاته.

توفّي الكركي بالنجف الأشرف في شهر ذي الحجّة سنة أربعين وتسعمائة، وكان قد عاد إليها من إيران عام (٩٣٩هـ) بسبب بعض القلاقل.