وضع ما يناهز ثلاثين مؤلَّفاً في الكلام وأُصول الدين والجدل والاحتجاج وآداب البحث والمناظرة، منها: نهج المسترشدين في أُصول الدين(ط)، نهاية المرام في علم الكلام(ط. في ثلاث مجلدات) استقصى فيه آراء المذاهب والفرق المختلفة واتّسم بطابع المقارنة والموضوعية في مناقشة الآراء وتفنيدها بسيل من الأدلة، مناهج اليقين (خ) في علم الكلام، منهاج الكرامة في معرفة الإمامة[١]، كشف المراد في شرح «تجريد الاعتقاد» للنصير الطوسي (ط)، كشف الفوائد في شرح «قواعد العقائد» للنصير الطوسي(ط)، أنوار الملكوت في شرح «الياقوت» في الكلام لإبراهيم ابن نوبخت(ط)[٢]، رسالة استقصاء النظر في البحث عن القضاء والقدر(ط)، رسالة نهج الحق وكشف الصدق (ط) بحث فيها المسائل الكلامية لاسيما الخلافية منها واشتملت أيضاً على رؤوس المسائل الأُصولية والفقهية، كتاب الألفين الفارق بين الصدق والميْن[٣](ط. بعنوان الألفين في إمامة مولانا

[١] ردّ عليه ابن تيمية بكتاب «منهاج السنّة» وملأه بالسباب والشتائم والتقولات على شيعة أهل البيت، وإنكار المسائل المسلّمة. انظر الغدير٣/١٤٨ـ ٢١٧للاطلاع على بحث العلاّمة الأميني حول المنهاج.
[٢] طبع ناقصاً، حيث تم حذف الفصل الأخير من الكتاب مما يرجع إلى أحكام المخالفين والبغاة، وقد قام الشيخ يعقوب الجعفري بنشر الفصل الأخير منه في مجلة «كلام إسلامي» السنة الثانية، العدد الثاني والثالث.
[٣] قال المؤلف إنّه يشتمل على ألف دليل على إمامة الإمام علي بن أبي طالب(عليه السلام)، وألف دليل على إبطال شبهات الطاعنين، وليس الموجود في النسخ المتداولة من الألف الثاني إلاّ يسير، وقد جاء في آخر إحدى النسخ المطبوعة: فهذا آخر ما أردنا إيراده في هذا الكتاب، من الأدلة الدالة على وجوب عصمة الإمام(عليه السلام)، وهي ألف وثمانية وثلاثون دليلاً، وهو بعض الأدلة، فإنّ الأدلة على ذلك لا تُحصى وهي براهين قاطعة.