آراى شيخ جعفر در كتاب كشف الغطا در مورد حوزه اختيارات فقيه، به همراه سيره عملى او در اجراى قوانين اجتماعى اسلام، حكايت از پذيرش ولايت عامه فقيه از سوى او دارد. ما در اينجا به ذكر مواردى از ديدگاههاى او مى‌پردازيم:

١. وى جهاد دفاعى را در عصر حضور امام عليه السّلام وظيفه امام عليه السّلام مى‌داند و در صورت غيبت امام عليه السّلام معتقد است كه مجتهدان در جايگاه نيابت امام عليه السّلام تدبير امور جنگ (جهاد دفاعى) را بر عهده دارند و دستور شروع جنگ را صادر مى‌كنند. وى مى‌گويد: «الثانى ما يتضمن دفاعا عن بيضه الاسلام و قد ارادوا (دشمنان) كسرها ... إن وجد امام عليه السّلام حاضر وجب عليه ... و ان لم يحضر الامام ... وجب على المجتهدين القيام بهذا الامر ... الى ان قال- فقد اذنت للنيابة عن سادات الزمان للسلطان فتحعلى شاه ... فى اخذ ما يتوقف عليه تدبير العساكر و الجنود و رد اهل الكفر ...:[٢] آنچه سبب دفاع از حريم كشور اسلامى و مسلمين مى‌شود، درصورتى‌كه دشمنان اسلام و مسلمين بخواهند كشور اسلامى را مورد حمله قرار داده و مسلمين را شكست دهند، ... اگر امام عليه السّلام حضور داشت، دفاع بر عهده اوست و اگر امام عليه السّلام حاضر نبود، بر فقيهان [جامع شرايط] واجب است قيام به دفاع، و من [- شيخ جعفر] به دليل نيابتى كه از ناحيه امام زمان (عج) دارم، به فتحعلى شاه اجازه دادم تا آن چيزهايى براى تدبير امور جنگ و سپاه و دفع اهل كفر لازم است، تهيه و از مردم اخذ كند».

٢. وى درباره بحث «بغات» مى‌نويسد: «هر متمردى كه عليه امام عليه السّلام يا نايب خاص و يا عام او [- فقيه جامع الشرايط] دست به طغيان بزند، در عنوان «بغات» داخل مى‌گردد و همين‌طور است كسى كه از اطاعت آنها در اوامر و نواهى سرپيچى كند ...، و حاكم مسلمين و حامى قلمرو اسلام و

[١] . جعفر بن خضر بن يحيى نجفى معروف به جعفر كاشف الغطا، شاگرد وحيد بهبهانى و سيد بحر العلوم و استاد صاحب جواهر است. وى كتابهاى زيادى تأليف نموده كه از اين ميان، كتاب معروف او در فقه« كشف الغطاء عن مبهات شريعه الغراء» نام دارد. وى همچنين معاصر فتحعلى شاه قاجار است. از جمله مهم‌ترين شاگردان او صاحب جواهر الكلام و صاحب مفتاح الكرامه هستند. صاحب مفتاح الكرامه در مقدمه كتابش از او تعبير به امام و علامه كرده است.

[٢] . كاشف الغطاء، جعفر، كشف الغطاء عن مبهمات شريعه الغراء، ج ٤، ص ٣٣٢.