فهرست موضوعى جواهر الكلام، فهرستى تفصيلى و تحليلى از اين كتاب است. هدف آن تفكيك مطالب موجود، استخراج آراء، ادعاها و ادله آنها و نكات تفصيلى موجود در آن و راهنمايى محققان به محل دقيق اين مسايل، با ذكر مجلد و صفحه مربوط است.

شيوه كار در اين بخش، بدين قرار است: در مورد هر مسأله خاص كه در جواهر الكلام ذكر شده‌است، سه عنصر: ادعاهاى صاحب جواهر، اقوال ساير فقها، ادله و مناقشات، مشخص و فهرست مى‌شوند، البته عنوانهايى كه مى‌توانند بين هر مسأله و مسايل ديگر، به صورت مشترك مورد بحث قرار گيرند نيز، در كنار آن مشخص خواهد شد، تا ابحاث مشترك در فقه، به راحتى در دسترس محققان باشد . يكى از دقايق فهرست موضوعى جواهر الكلام، مشخص كردن بحثهاى استطرادى در كنار هر مسأله است كه با كمك كامپيوتر مى‌توان به دقت بحثهاى پراكنده را در لا به لاى مسايل فقهى كشف و عناوين مشترك و حتى استطرادى را در هر مسأله معين كرد.

فوايد و آثار زيادى بر تهيه و تنظيم فهرست موضوعى جواهر الكلام، كه كتاب الگوى فقهى شيعه است، مترتب مى‌باشد، از جمله:

١. جمع آورى و ارائه ادعاها و نظرات صاحب جواهر الكلام، در يك مجموعه منظم، به شيوه دائرة المعارفهاى جديد فقهى.

٢. تنظيم مسايل فقهى مطرح در جواهر الكلام به ترتيب الفبايى، به همراه نظريات و آراى فقها(از جمله صاحب جواهر الكلام) و ادله هر يك از اقوال و مناقشاتى كه درباره آن ايراد شده است.