شیخ محمد عبده با برافراشتن پرچم اصلاح و نوگرایی در زمینه‌های تعلیم و تربیت، تفسیر و فقه، مباحث اجتماعی و سیاسی مطابق مقتضیات زمان و نیاز مسلمانان به بازگشت به قرآن به مسائلی همچون انسان‌گرایی، فردگرایی، آزادی، برابری و جایگاه زن در اجتماع و مسئله ملیت و امت پرداخته است.[١]

سیر تطور اندیشه عبده را می‌توان به دوره عزلت عبده[٢] یعنی زمان همراهی با سید جمال و دوره آگاهی وی از معارف غربی یعنی زمان سفر به اروپا و یادگیری زبان فرانسه و آشنایی با علوم غربی برای درک نیازهای مسلمانان، تقسیم کرد. در دوره اخیر عبده اندیشه‌های اصلاحی خود را در زمینه دین و جامعه آشکار کرد. [٣]

[١] - ر. ک. احمد پاکتچی، تاریخ تفسیر قرآن کریم، ص ۲۳۸. برخی معتقدند بازتاب شيوه نقد و تحليل مستشرقان، انديشمندان اسلامى را واداشت كه براى دفاع از اسلام، به تفسیری به‌مقتضای زمانه روی‌آورند. ر.ک. شادی نفیسی، عقل‌گرایی در تفاسیر قرن چهاردهم، ص ۶۸

[٢] - زمان تحصیل درطنطا و الازهر. ر.ک. محمد رشید رضا، تاریخ الاستاذ الأمام، ص ۱۰۷

[٣] - حمید عنایت، سیری در اندیشه سیاسی عرب، ص ۱۳۰. محمد عبده بنیان‌گذار یک مکتب فکری مدرن در مصر مشابه احمدخان در هند با اهتمام به همکاری با بیگانگان برای معرفی تمدن غرب به مصر شد. نوگرایی و گرایش عبده در رویکرد تفسیری وی (مثلاً تفسیر نابودی اصحاب فیل با میکروب حصبه) با عنایت به دانش غربی در عصر جدید و استفاده از حاکمیت عقل هویدا است.ر.ک. عمر بن ابراهیم رضوان، آراء المستشرقين حول القرآن الكريم و تفسيره، ج‌٢، ص: ٨١١. سبحانی نیز معتقد است که عبده در تفسیر برخی آیات ناظر بر معجزه سعی می‌کند آن را از ویژگی غیبی خارج کرده و با طبیعت مادی آغشته سازد. شیفتگی او به تمدن مادی غرب و مشاهده پیشرفت و رونق علوم طبیعی از نزدیک در زمان تبعیدش در پاریس او را به این نوع تفکر سوق داده است به‌گونه‌ای که علم یقینی برای هر پدیده‌ای به دنبال علت مادی و نه به عوامل غیبی مانند جن و فرشته حاصل می‌شود. جعفر سبحانی، المناهج التفسیریه فی علوم القرآن، مؤسسه الامام الصادق ٧، بی‌تا، ص ۱۰۵.