از نظر او قرآن در تمامى آيات خود واقع نمون است، به اين معنا كه حتى در وراى تمثيل‌ها و قصه‌هاى آن واقعيتى موجود است و اساساً طرح رمزگونه بودن يا تمثيلى بودن زبان قرآن حتى در بخشى از آيات را نيز نپذيرفت و ثابت كرد، حتى آن‌گاه كه براى عبرت يا هر غرض هدايتى ديگرى از تمثيل و قصه‌اى استفاده مى‌كند، مبتنى بر يك واقعيت خارجى سخن مى‌گويد و به ويژه قصص قرآن همگى پشتوانه تاريخى دارند. گفتنى است كه بعضى از قرآن پژوهان معاصر- به گفته مرحوم معرفت به انگيزه‌هاى خيرخواهانه و براى پيراستن ساحت اين كتاب از پيرايه‌ها- ايده‌اى نو نسبت به قصص قرآن، با عنوان انديشه اسلامى نوين، ارائه كرده‌اند؛ به اين بيان كه گفته‌اند قصص قرآن از نوع «قصص شعبيه» يا ادبيات عاميانه و فولكلوريك است. اين‌ها قصه‌هايى بوده كه در فرهنگ عاميانه موجود بوده است و قرآن براى غرض هدايتى خود بدون نظر به نفى و اثبات اصل آن استفاده كرده است، نظير اين‌كه ما امروزه در سخن خود ممكن است به مناسبت از بعضى بخش‌هاى مثلًا قصه رستم و سهراب استفاده كنيم. مثلًا نسبت به يك اقدام ديرگاه از تعبير «نوشداروى بعد از مرگ سهراب» بهره جوييم، بدون آن‌كه به واقع معتقد باشيم رستم و سهرابى در كار بوده يا نبوده است.

آيت‌الله معرفت، اين انديشه را كه پذيرش و رد آن تأثيرى شگرف در مطالعات و برداشت‌هاى قرآنى دارد با جديت رد كرد و با تلاش‌هايى طاقت‌سوز براى اثبات واقع نمونى قصص قرآن گام‌هايى سودمند برداشت. (معرفت، ١٣٨٢، ص ١٨٣)

اگرچه وظيفه اوليه‌اش قرآن‌پژوهى بود و به اين كتاب نگاه بيرونى داشت، اما آثار قرآنيش از افادات عميق كلامى به مناسبت‌هاى مختلف خالى نيست. براى نمونه مى‌توان به تبيين عميق مسأله اذن و استطاعت اشاره كرد. (معرفت، بى تا ج ٣، بحث اذن و استطاعت)

بعضى از تاريخ تفسير نگاران اهل سنت، مفسران شيعه را متهم كرده‌اند كه شيعه اساساً تفسير ندارد و آنچه ايشان در اين راستا مى‌كنند، نوعاً تأويل است و مفسران شيعه مى‌خواهند هر حقيقت قرآنى را با عدول از ظاهر آن به نوعى به امامان خود مربوط كنند و در اثبات ايشان و حقانيتشان به كار گيرند. اين ايده، آيت‌الله معرفت را بر آن داشت كه بر ظاهرى بودن تفسير شيعه اصرار ورزد و نشان دهد در مواردى كه شيعه خاص‌ترين ايده‌ها را دارد، فرآيند تفسيرشان نفى ظواهر قرآن نيست. او به آراى اختصاصى شيعه در آيات موهم شبهه تجسيم‌