در بحث بطون قرآن، بعد از بررسى معانى مختلف تأويل، خود تأويل آيات را بطون آن‌ها دانست كه مدلول‌هاى التزامى آيات به لزوم غير بين مى‌باشند و زير بار تعبدى بودن بطون نرفت و دست‌يابى به تأويل آيات را با تكيه به شيوه‌هاى علمى براى اهل فن ممكن دانست؛ به اين بيان كه آيات قرآن حامل پيام‌ها و معانى عامى هستند كه اگر آيه را از خصوصيات زمان و مكان و مورد نزول تجريد كنيم، اين پيام عام كه براى تمام عصرها و نسل‌ها قابل استفاده است، رخ مى‌نمايد و براى دست‌يابى به آن‌ها شيوه‌اى دقيق و علمى با كمك برهان سبر و تقسيم منطقى عرضه كرد و اين شيوه را با نمونه‌هايى متعدد آزمود. از نظر او اگرچه معصومان عليهم السلام برجسته‌ترين مصاديق راسخان در علم و عالمان به تأويلند، اما تأويل‌هايى كه ايشان ارائه كرده‌اند، در واقع ياد دادن تأويل به ديگران بوده است و راه براى دريافت آن براى كسى كه مقدمات نزدش فراهم باشد، باز است، اگرچه همراهى با اين ايده در حد ادله و شواهدى كه وى ارائه كرد با نمونه‌هاى محدودى كه عرضه نمود، دشوار به نظر مى‌رسد. (همان، ١٤١٧ ق، ج ١، صص ٤٩٢- ٤٨٠) در مبحث محكم و متشابه با طرح تشابه عرضى و تفكيك آن از تشابه ذاتى و اصلى، راه بر حل دشوارى‌هاى بسيار گشود و نشان داد ريشه تشابه در بسيارى از آيات متشابه‌گون دورى از عصر نزول و تطور واژگان و فرهنگ‌هاست. (همان، صص ٤٨٩- ٤٦٢) با ارائه تعريفى دقيق از نسخ، شرائط آن را به دقت تبيين كرد و از اين رهگذر اين پديده را تنها در شمار اندكى از آيات قرآن قابل بررسى دانست و در آن موارد هم با ارائه نظريه نسخ مشروط، راه را بر بسيارى از اشكالات بست. (همان، صص ٤٦١- ٤١٦)

وى در طول سى سال به طور مدام ايده خود را تنقيح و تكميل كرد و در نهايت اعلام كرد، نسخ در قرآن نيست و شايسته است، اين بحث از پرونده مباحث قرآنى حذف شود، چراكه تمامى موارد مورد توهم نسخ قابل حمل بر وجوه ديگرى هستند. (معرفت، ١٣٨٣، ش ٤٤، ص ٩٩)

با تتبع و تدقيق در تمامى ايده‌هاى كهن و امروزى براى زبان قرآن، با دلايل روشن نشان داد زبان قرآن زبان عرف عام است، اما نشان داد كه در عين حال زبانى سهل و ممتنع است، چراكه بين معانى متعدد جمع كرده است. در كنار اقناع خواص رعايت فهم عامه را نموده، ميان ايجاز و اطناب جمع كرده است و به خاطر تنگى قالب كلمات زبان عربى- كه زبان مردمى فرهيخته نبود و بنابراين، براى معانى بلند لفظ نداشت- به دامان كنايه و استعاره افتاده است. (همان، ١٣٧٩، ج ١، صص ١١٠- ٩٧)