این جنگ‌ها باتوجه به اینکه از یک سو جنگ‌های داخلی بین مسلمانان بود و از سوی دیگر بدون غنائم و اسیر بود، مردم را به شک و تردید انداخت؛ که چرا جنگ با مسلمانان باشد؟ در واقع یک نوع واگرایی بین مردم ایجاد شده بود؛ پس با امام(ع) همراهی نکردند و درست در آستانه پیروزی حق بر باطل با نیرنگ دشمن، شکست را برای امام محقق کردند؛ این جنگ‌ها عوارض و مشکلات فراوانی را برای حکومت حضرت پدید آوردند؛ مانند ایجاد فتنه، تردید و شک در حقانیت حضرت در دل بسیاری از مردم، سوء‌استفاده‌های فراوان و آگاهانه بنی‌امیه از فضای غبارآلود فتنه‌ها، ایجاد بسترهای لازم برای اتهام زنی به حضرت و ایجاد شرایطی برای خیانت برخی یاران امام و ملحق شدنشان به جبهه باطل؛ بنابراین از علت های مهم ناپایداری حکومت حضرت(ع)، آماده نبودن بسترهای لازم حاکم بر جامعه برای پذیرش حکومت و اقدامات و برنامه‌های اصلاحی حضرت بود که جنگ های داخلی را به راه انداخت و بین مسلمانان تفرقه و تردید ایجاد کرد و زمینه ساز همکاری نکردن مردم با امام(ع) و محقق نشدن اهداف و ناپایداری حکومت حضرت شد.

نتیجه‌گیری

حضرت در شرایطی زمام امور حکومتی را به دست گرفتند که جامعه از نظر اجتماعی، فرهنگی، سیاسی، اقتصادی ومدیریتی به اختلاف کشیده و کاملاً دگرگون شده بود؛ سنت پیامبر(صل) تغییر و کم‌کم به فراموشی سپرده شده و بدعت‌ها جایگزین آن گردیده بود؛ اموال عمومی به تاراج رفته و در دست افراد خاصی قرار گرفته بود؛ این اختلاف ها و دگرگونی جامعه در دوران خلفای پیشین، به ویژه خلیفه دوم ایجاد و در دوره خلیفه سوم به اوج رسیده بود؛ به طوری که همین دگرگونی موجب شورش مردم و قتل عثمان گردید؛ در چنین جامعه‌ای حضرت تنها و بدون یار و یاور وفادار بودند؛ به دلیل همراهی نکردن مردم و نبود کارگزاران شایسته و کافی و همچنین مقابله خواص با حضرت و تحمیل جنگ‌های داخلی، حضرت را برای اجرای برنامه‌های حکومتی در تنگنا قرار می داد. بنابراین وقتی جامعه آمادگی پذیرش حکومتی را نداشته و زیرساخت‌ها و بسترهای لازم حاکم بر جامعه در تمام ابعاد حکومتی را دارا نباشد، زمینه نابودی‌اش فراهم می شود؛ البته این ارتباطی با حق یا باطل بودن حکومت ندارد؛ این یک قانون