بيشترين مباحث فرعى در مرآة العقول، بحث هاى كلامى است. نقد و بررسى آراى اشاعره و معتزله و اثبات ديدگاه كلامى برآمده از احاديث شيعه، هدف جدّى مجلسى در بحث هاى كلامى مرآة العقول است. وى گاه، كلام متكلمان شيعه را نيز با توجّه به مفاد روايات، مورد نقد و بررسى قرار مى دهد. بيشترين مواجه كلامى وى در اين كتاب با فخر رازى و مباحث كلامى تفسير كبير وى است. وى از فخر رازى با تعابيرى از قبيل معاند، ناصبى و غير آن ياد مى كند. يادكرد عبارتى از سخن فخر رازى و پاسخ مرحوم مجلسى مى تواند در ترسيم فضاى چالش فكرى آن دو كمك كند. در مبحث بدا از قول فخر چنين نقل مى كند: قال: قالت الرافضة: البداء جائز على اللّه تعالى وهو ان يعتقد شيئا ثم يظهر له انّ الأمر بخلاف ما اعتقده وتمسّكوا فيه بقوله: «يَمْحُواْ اللَّهُ مَا يَشَآءُ ...» انتهى كلامه لعنه اللّه »؛ وى مى گويد: رافضيان بر اين باور هستند كه بدا بر خداوند متعال جايز است و معناى بدا آن است كه خداوند چيزى را باور داشته باشد؛ ولى بعدا معلوم شود كه واقع، بر خلاف باور اوست و براى تأييد اين مطلب به آيه «يمحو اللّه ما يشاء» تمسك كرده اند. و آن گاه مجلسى در پاسخ مى نويسد: و لا ادرى من اين اخذ هذا القول الّذى افترى به عليهم مع انّ الكتب الاماميّة المتقدمين عليه كالصدوق والمفيد و الشيخ و المرتضى وغيرهم ـ رضوان اللّه عليهم ـ مشحونة بالتبرّى عن ذلك؟ ولا يقولون الاّ به بعض ما ذكره سابقا أو بما هو اصوب منها كما ستعرف. والعجب انّهم في اكثر الموارد، ينسبون الى الربّ تعالى ما لا يليق به والاماميّة ـ قدس اللّه اسرارهم ـ يبالغون فى تنزيهه تعالى و يفحمونهم بالحجج البالغة ولمّا لم