«همچنين است نظر در علم اقليدس و المجسطى و دقايق حساب و هندسه و رياضيات، در آنها كه خاطر را تشحيذ و نفس را نيرومند مى‌كند و با اين حال، ما آن را به سبب يك آفت كه در پى دارد، منع مى‌كنيم؛ زيرا از مقدمات علوم اوائل (علوم عقلى و فنّى) است كه مذاهب فاسدى در پى دارد.» «١» مخالفت با علوم و فنون در جهان اسلام ادامه يافت و تا آنجا پيش رفت كه متفكرى چون ابن خلدون صريحاً مى‌نويسد:
«مسائل طبيعيات، براى دين يا معاش ما اهميت ندارد. پس لازم است آن‌ها را ترك كنيم!» «٢» گرچه بعدها در اثر تلاش برخى دانشمندان به ويژه شيعى تا حدودى وضع بهبود يافته و علوم عقلى يعنى منطق، فلسفه و كلام از انزوا در آمده و در حوزه‌ها تدريس مى‌شد، ولى علوم طبيعى هرگز رونق نيافت و به حوزه‌ها راه نيافت و تا آنجا دو گانگى و جدايى ميان علم و دين پيش رفت كه اصطلاح علوم قديم و علوم جديد براى علوم دينى و علوم طبيعى رايج شد- كه به معناى خلاف دين‌انگارى علوم جديد بود!-، در حالى كه از ديدگاه اسلام علم قديم و جديد ندارد؛ و بر اين اساس بود كه در چند قرن نخست، تنها يك مركز آموزشى وجود داشت و آن معمولًا پايگاه عبادى سياسى «مسجد» بود كه در آن همه علوم اسلامى اعم از علوم مصطلح حوزوى و علوم طبيعى و عقلى تدريس مى‌شد. راز اين كه دانشمندان بزرگى چون ابونصر فارابى، ابن سينا، ابوريحان بيرونى، خواجه نصير طوسى و ... با اين كه در همه علوم مختلف استاد و سرآمد همه عالمان عصر و بلكه اعصار بودند، ولى به عنوان عالمان دينى شهرت داشته و دارند، همين است كه بيان شد.
٢- از علل مهم ديگر تعارض (يا جدا انگارى) علم و دين در جهان اسلام، كه مربوط به دوران اخير و به ويژه پس از وقوع رنسانس علمى- صنعتى در غرب بوده و رهاورد آن ديار به ديگر جوامع و از جمله جوامع اسلامى از راه الگوگيرى و تأثيرگذارى است، رواج انديشه سكولاريسم در همه ابعاد آن و به ويژه در زمينه «علم» است.