معارض با تفسيرهاى خرافى و خلاف واقع از كتاب مقدس را رد كرده و بر حق مطلق و غير قابل تغيير بودن ديدگاه كليسا از تفسير دين و كتاب مقدس اصرار مى‌ورزيدند. «١» نتيجه پافشارى افراطيون از دو طرف، منجر به مطرح شدن و بالا گرفتن نزاع و تعارض ميان علم و دين گرديد.
٣- ظهور داروينيسم در نيمه دوم قرن نوزدهم و ارائه نظريه تبدّل انواع (: تحول انواع) تأثير منفى زيادى بر الهيات گذاشته و تعارض علم و دين را دامن زده است. چ دين پژوهى ١١٨ ديدگاهها درباره تعارض يا تعامل علم و دين ص : ١١٨ ارلز داروين (١٨٠٩- ١٨٨٢)؛ طرح تئورى تبدل انواع و نظريه انتخاب طبيعى كه به زعم او حاصل «تغييرات تصادفى»، «تنازع بقا» و در نتيجه موجب «بقاى انسب» است، با تعاليم دينى به ويژه درباره اعتقاد به خدا و توحيد، اصالت نژادى انسان و كرامت و شرافت ذاتى او و نيز ارزش‌هاى اخلاق به مبارزه و معارضه برخاست.
گرچه تئورى داروين، به تدريج مورد نقد و بررسى دانشمندان بسيارى قرار گرفت و خلاف واقع بودن عمده اين نظريات به اثبات رسيد، ولى در آن مقطع تاريخى خاص كه علم زدگى و تجربه گرايى در اوج بود، تعارض ميان علم و دين را تشديد كرده است. «٢» ٤- ناتوانى كليسا در دفاع عقلانى و منطقى از بسيارى از عقايد دينى خويش به دليل خرافى بودن و غير قابل دفاع عقلى بودن آن عقايد و در رأس آن‌ها عقيده به تثليث (: توحيد مسيحى)، از عوامل ديگر ايجاد تعارض علم و دين در غرب بوده است. مخالفت اين گونه عقايد با عقل و علم، كليسا را واداشت كه به اصرار بگويد تثليث آن چنان پيچيده و دقيق است كه عقل بشر توان درك و فهم آن را نداشته و نمى‌توان با عقل و استدلال اثباتش كرد؛ تنها با شهود، تجربه و تلقى درونى مى‌توان آن را دريافت! و هنوز نتوانستند براى اين معماى لاينحل «تثليث» راه حل عقلى و منطقى ارائه كنند و نخواهند كرد. «٣»