در گذشته، ساختمان بقعه، بسيار كوچك و داراى گنبدى از گچ بود. اما قبل از سال ١٩٧٠ م، ساختمان قبلى خراب شد و بناى بزرگى، شامل ايوان، حرم، گنبد، رواق و صحن، ساخته شد.

...

گنبد بنا، شلجمى بلند، به قطر هشت متر و ارتفاع نزديك به دوازده متر است كه با كاشى‌هاى آبى، تزيين يافته و در ساخت آن، چندين پنجره براى نورگيرى، طراحى شده است. درست زير گنبد، اتاق مرقد به شكل مربع و ابعاد هر ضلع هشت متر، قرار گرفته است و ضريح چوبى ساده‌اى نيز از مرقد محافظت مى‌كند. دو رواق نسبتاً بزرگ در شمال و جنوب اتاق مرقد، طراحى شده كه براى استفاده زائران مرد و زن است.

صحن بقعه، در شرق بنا واقع شده و حجراتى براى اسكان زائران، در آن تعبيه شده است. ايوان در جانب شرق، واقع شده و ارتفاعى حدود شش متر دارد و بالاى در ورودى آن، زيارتنامه سيد عيسى نوشته شده و تاريخ كتابت آن، مربوط به سال ١٣٨١ ه. ق، است.[٩٥٥] سيد عبدالرزاق كمونه از قول سيد حسين براقى، مى‌نويسد:

در كوفه، عيسى بن زيد درگذشت ... قبرش اكنون در فاصله سه مايلى از قريه شنافيه آشكار است. نزد آل‌شبلى، به نبى عيسى، معروف است و براى آن، كراماتى آشكار است كه سيد حسين براقى در كتابش، ذكر نموده است.[٩٥٦]

زندگى‌نامه عيسى بن زيد

عيسى دومين فرزند زيد بن امام زين‌العابدين (ع) است. لقب او (موتم الاشبال) و كنيه‌اش، ابويحيى و ابوالحسن مى‌باشد. او در ماه محرم سال ١٠٩ ه. ق، ديده به دنيا گشود و در سال ١٦٩ ه. ق درگذشت. به هنگام شهادت پدرش، دوازده سال داشت.[٩٥٧] مادرش،

[٩٥٥] . مراقد المعارف، ج ٢، صص ١٤٤ و ١٤٥؛ دليل العتبات و المراقد فى العراق، صص ١٦٣ و ١٦٥.

[٩٥٦] . مشاهد العترة الطاهره، ص ١٨٩؛ آرامگاه‌هاى خاندان پاك پيامبر( ص)، ص ٢٤٣.

[٩٥٧] . سرالسلسلة العلوية. البته در سن و ولادت عيسى، اختلاف است. ابوالحسن عمرى نسابه در المجدى مى‌گويد،« عيسى در موقع شهادت پدرش، يك سال و حسين، چهار سال و محمد، چهل روز داشت». رفاعى نيز در صحاح الاخبار مى‌گويد:« وفات عيسى، سال ١٦٦ ه. ق و در سن ٤٦ سالگى بوده است».