اختلاف جزئى در نسب ادعا شده براى رفاعى، و با بيان اينكه هيچ‌يك از علماى نسب براى حسين بن احمد مزبور فرزندى به نام محمد، ذكر نكرده است و اين ادعا را فرزندانِ فرزندان وى مطرح كرده‌اند.[١٠٢٥]

همچنين ابن طولون صالحى، مورخ بزرگ نيز با صراحت گفته است: «سرور من، احمد بن رفاعى، نسلى نداشت و «شريف» (سيّد) نبود».[١٠٢٦]

پدر شيخ احمد رفاعى، پس از ورود به عراق، در روستاى «ام‌عبيده» در منطقه «بطائح»، ساكن شد و با خواهر شيخ منصور زاهد بطائحى، ازدواج كرد و از وى، داراى فرزندانى شد. او در زمانى كه همسرش به فرزندش احمد حامله بود، از دنيا رفت. از اين‌رو شيخ منصور بطائحى، تربيت خواهرزاده خود را برعهده گرفت. گويند او در اول محرم سال ٥٠٠ ه. ق، به دنيا آمد. رفاعى در فقه، مذهب شافعى داشت. او فرزندى نداشت و پس از وى، طريقت او را فرزندان برادرش، ادامه دادند.[١٠٢٧] طريقت شيخ احمد رفاعى در تصوف، با انتساب به وى، به نام «رفاعيه» شهرت يافته است و البته گاهى در گذشته، به نام «احمديه» و «بطائحيه» نيز شناخته مى‌شده است. يكى از ويژگى‌هاى اين طريقت، كارهاى عجيب و خارق‌العاده‌اى بوده كه از صوفيان اين طريقت، سر مى‌زده است و در منابع تاريخى، به نمونه‌هايى از آنها اشاره شده است؛ از جمله خوردن مارهاى زنده، وارد شدن به تنور داغ و پر از آتش و سوار شدن بر شير و حيوانات وحشى.[١٠٢٨]

شيخ احمد رفاعى، ميان صوفيان اهل‌سنت دوره‌هاى متأخر، جايگاه ويژه‌اى دارد؛

[١٠٢٥] .« وقد نسب بعضهم الشيخ الجليل سيدي احمد بن الرفاعي إلى حسين بن احمد الأكبر فقال، هو احمد بن علي بن يحيى بن ثابت بن حازم بن علي بن الحسين بن المهدي بن القاسم بن محمد بن الحسين المذكور، ولم يذكر أحد من علماء النسب للحسين ولداً اسمه محمد. وحكى لي الشيخ النقيب تاج الدين أن سيدي أحمد بن الرفاعي لم يدّع هذا النسب، وإنما ادعاه أولاد أولاده، والله أعلم». عمدةالطالب فى انساب آل ابى طالب، ابن عنبه، ص ٢٦٠.

[١٠٢٦] . مفاكهة الخلان فى حوادث الزمان، ابن طولون الصالحى، ص ٢٤٨.

[١٠٢٧] . تاريخ الاسلام، ج ٤٠، صص ٢٤٨ و ٢٥٥.

[١٠٢٨] . همان، ص ٢٥٥؛ وفيات الاعيان، ج ١، ص ١٧٢.