وارد فضاى علمى جنجال آميز آن شهر شد. گاهى هم در درس صاحب حدائق شركت مى‌كرد، اما در آن زمان هيچ يك از كسانى كه در درس شيخ شركت مى‌كردند، وحيد را نمى‌شناختند و نمى‌دانستند تقدير الهى چه نقش عمده‌اى در اين نزاع بر عهده او گذاشته است.

او، يك روز پس از پايان يافتن جلسه درس، برخاست و با صداى بلند خطاب به انبوه طلبه‌هايى كه در درس شيخ حضور داشتند، گفت: «من حجت‌خدا بر شما هستم»، سپس براى آنان شرح داد كه كنار گذاشتن علم اصول از حوزه‌هاى علميه، چه خطرهايى براى اجتهاد به همراه دارد.

با آمدن اين دو بزرگ به كربلا، حوزه آن روز كربلا تبديل به ميدانى شد براى درگيرى فكرى شديدى بين دو مكتب اصولى و اخبارى و به ويژه بين وحيد بهبهانى و صاحب حدائق.

اين درگيرى فكرى، در عين اين كه شديدترين درگيرى در نوع خود بود، سالم‌ترين درگيرى نيز بود. شيخ عباس قمى در الفوائد الرضويه، حكايتى را از قول نويسنده كتاب تكمله و ايشان از قول حاج كريم، خادم حرم امام حسين(ع) نقل مى‌كند:

«وى، در جوانى به خدمتگزارى در حرم امام حسين مشغول بود، يك شب ديد كه شيخ يوسف بحرانى و وحيد بهبهانى داخل حرم ايستاده‌اند و با هم گفت و گو مى‌كنند. گفت و گوى آنان طول كشيد تا اين كه هنگام بستن درهاى حرم فرا رسيد. آنان به رواق پيرامون حرم آمدند و به همان حالت ايستاده به گفت و گوى خود ادامه دادند. چون خادمان خواستند درهاى رواق را نيز ببندند، آن دو به صحن آمده و گفت و گو را ادامه دادند. هنگام بستن درهاى صحن نيز فرا رسيد و آنان از درى كه رو به قبله گشوده مى‌شد خارج شده و در حالى كه ايستاده بودند به گفت و گوى خود ادامه مى‌دادند. در اين هنگام خادم ياد شده آنان را به حال خود واگذاشت و به خانه‌اش رفت و خوابيد. سپس با طلوع فجر روز بعد كه به حرم بازگشت، از دور صداى گفت و گوى دو شيخ را شنيد، چون نزديك شد ديد كه آن دو به همان حالتى كه شب گذشته آنان را ترك كرده بود، به گفت و گو و مباحثه مشغولند. سپس با صداى اذان