سوم اين كه برخى از دستاوردهاى علمى در حد فرضيه باقى مانده‌اند و حتى فرضيه‌هاى رقيب جدى ديگرى هم در مقابل دارند. مانند نظريه «تبدل انواع» داروين و نظريات ژنتيكى.
چهارم اين كه بخش عظيمى از واقعيت عينى و علمى (علمى به معناى عام نه صرف تجربى و حسى) وجود دارد كه از قلمرو تجربه و آزمايش حسى بيرون بوده، به جهان غيب و ماوراى ماده و طبيعت تعلق دارند و تنها با داده‌هاى وحيانى و براهين عقلى و فلسفى قابل اثبات و يافتن هستند. پس چنين نيست كه همه واقعيت‌هاى عينى و علمى به يافته‌هاى اثبات شده علوم طبيعى و تجربى اختصاص داشته باشد و بس.
پنجم اين كه به اعتراف خود دانشمندان علوم، پژوهش‌هاى تجربى و حسّى نمى‌تواند همه واقعيت‌ها و زواياى پديده‌هاى حتّى مادى را هم نشان داده و اثبات كند؛ زيرا ابزار پژوهش حسى و تجربى بسيار محدود و جزئى نگرند. «١» از اين رو، مفاهيم علمى به تنهايى توصيف دقيق و كاملى از طبيعت نمى‌باشند، بلكه مفاهيم نظرى و مبادى و مبانى ما بعد الطبيعى و متافيزيكى در نظريه‌هاى علمى تأثير زيادى داشته و اهداف علمى و غايت انگارى دانشمندان و پژوهشگران طبيعى (نگرش‌هاى فكرى و جهان بينى) كه از قلمرو علوم تجربى به دور است در نحوه شكل‌گيرى نظريات علمى و صحت اتقان آنها نقش بسزايى دارد.
دانشمندان علوم، ديدگاه‌هاى متافيزيكى و آموزه‌هاى دينى را به عنوان پيش فرض در پژوهش‌هاى علمى و تجربى به كار مى‌گيرند و به نتايج مطلوب مى‌رسند؛ زيرا آزمايشات تجربى در همه جا نتايج يكسان دارد، آنچه به پژوهش‌ها و آزمايشات تجربى، نتايج مطلوب و معنادار مى‌بخشد پيش فرض‌هاى متافيزيكى و آموزه‌هاى دينى است.
به عنوان نمونه، فيزيك دانان در توضيح اصل «آنتروپيك» (امكان پيدايش حيات در زمين) به دو رويكرد و تفسير حيات گرايش پيدا كردند: يك گرايش اين است كه تعداد زيادى از جهان وجود دارد كه شرايط حيات تنها براى يكى از آن‌ها بدون طراحى قبلى و به طور