وكان في هذه الفترة يعيش تجربة تطوير البحث الفقهي والأصولي في ظل أستاذيه الكبيرين، وكانت فترة مخاض تمخضت عنها المدرسة الفقهية الجديدة.
وفترة المخاض عادة تقترن بكثير من الاضطراب والقلق الفكري وعدم الاستقرار.
عاش الشيخ مخاض هذه المدرسة في حياة أستاذيه الكبيرين وعانى ما تتطلب هذه الفترة من جهد وتعب.
واستمر بعد أستاذيه في تطوير المدرسة بعد أن بلغت في حياة المرتضى دور المراهقة، وتسلم الشيخ المدرسة عن أستاذه المرتضى في هذا الدور. ولا يختلف هذا الدور فيما يصيب القائمين بها من تعب وجهد، واضطراب فكري دائم، وعدم استقرار عن دور المخاض.
وكذلك كانت حياة الشيخ الطوسي في مرحلتي التلمذة والتدريس سلسلة طويلة من المحاولات التجديدية لتطوير الفقه وصياغته من جديد، وتجديد أصول الصناعة والصياغة والاستدلال فيه.
ولاقى الشيخ الطوسي في سبيل ذلك كثيرا من التعب والجهد وأعانه على ذلك صبره على العمل، ومواصلته للتأليف والتدريس والتفكير، ومؤهلاته الفكرية الخاصة، ونبوغه الذهني، وعناية أستاذيه به، وتوفر الكتب لديه.
وقد أنعم الله على شيخنا الطوسي بهذه النعم كلها، فقد كانت في متناول الشيخ مكتبتان كبيرتان يستعين بهما في التأليف والمطالعة والالمام بأمهات الكتب الفقهية: إحداهما (مكتبة الشيعة) التي أنشأها أبو نصر سابور بن أردشير وزير بهاء الدولة البويهي، جمع فيها ما تفرق من كتب فارس والهند واستكتب تآليف أهل الهند والصين والروم، وأهدى إليها العلماء كتبهم، فكانت من أغنى مكاتب بغداد، وقد أمر بإحراقها (طغرل بيك) فيما أحرق من مؤسسات الشيعة وبيوتهم ومدارسهم في الكرخ.