در قرن دوم هجرى، «بغداد» مركز حكومت اسلامى- با جذّابيت‌ها و امكانات زيادى كه در آن وجود داشت- پزشكان جديد را به سوى خود جذب مى‌كرد. همچنين با توجّه به اينكه خلفاى عبّاسى برخى پزشكان جندى شاپور را به بغداد فراخوانده بودند، به تقليد از بيمارستان جندى شاپور، بيمارستان‌هايى در شهر بغداد ساخته شد كه روند آموزش و درمان در آنها، مشابه بيمارستان جندى شاپور بود. قديمى‌ترين آنها بيمارستانى بود كه به امر منصور، دومين خليفه عبّاسى ساخته شد.

البتّه بغداد در دوره‌هاى بعدى هم داراى بيمارستان‌هايى بوده است. يكى از معروف‌ترين آنها، بيمارستانى بود كه عضدالدّوله ديلمى در سال ٩٨٢ م. در بغداد بنا كرد. رياست اين بيمارستان بر عهده جبرئيل، پزشك معروف شيرازى بود. اين بيمارستان داراى تجهيزات كامل و داروخانه بود كه داروهاى آن از سراسر دنيا جمع‌آورى شده بود و داروسازان ايرانى در آنجا مشغول به ساخت داروهاى تركيبى بودند. مانند امروز، معالجه بيماران به دو شكل سرپايى و بسترى انجام مى‌شد. تخصّص در ميان پزشكان تشويق مى‌شد و كارورزى متداول بود. نوعى از خدمات پرستارى هم در اين بيمارستان وجود داشته است.

بيمارستان رى‌

اين بيمارستان در قرن سوم و چهارم هجرى قمرى در ايران داير بوده و زكريّاى رازى مدّتى رياست آن را برعهده داشته است. متأسّفانه از جزئيات و قسمت‌هاى مختلف آن اطّلاعات زيادى در دست نيست.

بيمارستان زرند

مؤسّس اين بيمارستان عمرو بن ليث صفّارى است. چون دوران حكومتى وى كوتاه بوده، نمى‌توان گفت كه اين بيمارستان چند سال دوام داشته است. ولى به نظر مى‌رسد كه بيمارستان‌هاى «رى» و «زرند»، قديمى‌ترين بيمارستان‌هاى ايران پس از ظهور اسلام باشند.

بيمارستان اصفهان‌

اين بيمارستان در قرن چهارم هجرى قمرى داير بوده و به احتمال زياد در زمان آل‌بويه پايه‌گذارى شده است. ابن‌مندويه اصفهانى از پزشكان بزرگ ايران، كتابى را تأليف كرده و در اين بيمارستان به تدريس آن به دانشجويان پزشكى مى‌پرداخته است.

بيمارستان نيشابور

مؤسّس آن محمّدبن ابراهيم نيشابورى، ابتدا در مكّه فقه مى‌خوانده است؛ ولى پس از بازگشت به موطن خود، به تأسيس اين بيمارستان اقدام كرد. پس از او خواجه نظام‌الملك بيمارستان بزرگى در «نيشابور» تأسيس كرد كه پس از حمله مغول‌ها اين بيمارستان نابود گرديد و اثرى از آن به جا نماند.

بيمارستان مرو

از جزئيات اين بيمارستان اطّلاعات زيادى در دست نيست. عيس‌بن ماسه پزشك حاذق قرن دوم هجرى قمرى در اين بيمارستان خدمت مى‌كرده است.

بيمارستان‌هاى شيراز

چنان‌كه اسناد تاريخى نشان مى‌دهند، اوّلين بيمارستان «شيراز» در دوره عضدالدّولة ديلمى در قرن چهارم هجرى قمرى ساخته شد. عضدالدّوله در بغداد نيز بيمارستان بزرگى ساخت. اين بيمارستان در وسط شهر شيراز بنا شده بود و در آن، از كلّيه ابزار پزشكى و انواع داروها استفاده مى‌شد. پزشكان اين بيمارستان در منطقه خاصّى كه به دستور عضدالدّوله دور از هياهوى شهر ساخته شده بود، در رفاه و آسايش زندگى و هر ماه، حقوق معيّنى دريافت مى‌كردند. از پزشكان بزرگ اين بيمارستان، مى‌توان از ابوالعلا شيرازى (طبيب ارتش عضدالدّوله)، ابن‌عجيم و ابوماهر شيرازى نام برد. «بيمارستان عضدى شيراز» در دوره‌هاى بعد نيز به كار خود ادامه داد؛ امّا در دوره سلجوقيان به سبب بلاياى طبيعى رو به ويرانى نهاد.

از ديگر بيمارستان‌هاى بزرگ شيراز كه در دوره اتابكان ساخته شد (٦٨٦- ٥٤٣ ه-. ق.) مى‌توان از «بيمارستان مظفّرى» نام برد. اين بيمارستان در دوره‌هاى بعدى، توسط خواجه رشيدالدّين فضل‌الله همدانى، وزير دانش دوست ايلخانيان بازسازى شد. شيراز در دوره بعدى نيز داراى بيمارستان‌هايى بوده است.