حال كه ضرورت حكومت دينى در زمان غيبت امام معصوم بيان شد، اين سؤال مطرح مى‌شود كه در اين موقع چه كسى حق حكومت دارد و مى‌تواند اعمال حاكميت كند؟ به عبارت ديگر همان سؤال نخست مطرح مى‌شود كه مشروعيت حاكم اسلامى در زمان غيبت امام معصوم از كجاست؟
شيعه اعتقاد دارد كه امام دوازدهم «عج» در آخرين پيامى كه از طريق نايب خود براى مردم فرستادند، تكليف حكومت و مردم را روشن كردند. آن حضرت فرمودند:
و اما الحوادث الواقعة فارجعوا الى رواة احاديثنا. «١» در حوادثى كه پيش مى‌آيد، به راويان حديث ما رجوع كنيد. ايشان حجت من بر شمايند و من نيز حجت خدا هستم.
سند مشروعيت حكومت و حاكم اسلامى در زمان غيبت اين سخن امام زمان «عج» است. بر اين اساس شيعيان اعتقاد دارند كه در زمان غيبت امام (عج) فقيه جامع الشرائط حق حكومت دارد. منشأ مشروعيت در اسلام خداوند است كه اين حق را به امام معصوم واگذار نموده است و امام معصوم غايب نيز اين حق را به صورت عام به فقيه جامع‌الشرائط نه به شخص خاص واگذار كرده است.
بدين ترتيب، مشروعيت حاكم اسلامى يا «ولى فقيه» در زمان غيبت، مشروعيتى دينى و الهى است. حال جاى اين سؤال باقى است كه مردم در نظام «مردم سالارى دينى» چه نقشى دارند؟ در واقع در نظامى كه يك ركن و مؤلفه اصلى آن مردم و مولفه ديگر آن دين قرار دارد، آيا مردم نيز در مشروعيت بخشى به حكومت، نقشى دارند؟
در پاسخ به اين سؤال اساسى بايد گفت: نقش آفرينى مردم در نظام «مردم سالار دينى» بدين صورت است كه وقتى مردم حاكميت و ولايت فقيه را پذيرفتند و با او دست بيعت دادند و اطاعت او را بر خود لازم دانستند، در حقيقت مشروعيت الهى ولى فقيه را مقبوليت و فعليت بخشيده‌اند. منظور از مقبوليت مردمى حكومت، پذيرش، التزام عملى و همكارى شهروندان با رهبر و حاكم اسلامى است.