مواضع رهبرى‌ از ديگر ابعاد مورد توجه، در كالبد شكافى بحران‌ها و آشوبهاى داخلى، بررسى مواضع مديران و دست اندركاران مسئول و نقش آفرين در كنترل و مديريت بحران است. در جمهورى اسلامى ايران اختيارات ويژه‌اى براى رهبرى نظام جهت اعمال مديريت در مهار بحران‌هاى نظامى- انتظامى و امنيتى در قانون اساسى جمهورى اسلامى در نظر گرفته شده است.
بنابر اصل يكصد و دهم قانون اساسى، رهبر انقلاب اسلامى، فرمانده كل قوا و نيروهاى مسلح نظامى و انتظامى است. بر اساس اصل ١٧٦ قانون اساسى، نيز مصوبات شوراى عالى امنيت ملى كشور پس از تأييد و امضاى رهبرى قابليت اجرا دارد.
بر اين اساس، رهنمودها و مواضع رهبر فرزانه انقلاب پيرامون نا آرامى و آشوب‌هاى دوره اصلاحات به صورت موضوعى در زير مى‌آيد:
١. اهميت امنيت ملى‌ در طى بحران‌ها و اغتشاشات، ضريب امنيت داخلى به عنوان يكى از بخش‌ها و پايه‌هاى اساسى امنيت ملى نظام، مورد تهديد قرار گرفته است. فرماندهى معظم كل قوا در ٢٢ تير ١٣٧٨ در اعلام نظرى در اين ارتباط فرمود:
دشمن امنيت ملى ما را هدف گرفته است، امنيت ملى براى يك ملت از همه چيز واجب‌تر است. «١» ٢. معرفى زمينه ها در هر سيستم و نظامى اگر مديريت كارآمد و هوشمندى حاكم باشد، در صورت بروز ناهنجارى‌هاى متعدد و اختلال در سيستم، آسيب‌شناسى واقع گرايانه و شناسايى عوامل زمينه ساز در كاهش بحران‌هاى احتمالى در آينده مؤثّر خواهد بود.