از زمان تشكيل مجمع تاكنون مشكلات فراوانى از طريق ارجاع مسائل توسط مقام معظم رهبرى حل شده است و اگر حل نمى‌شد، ممكن بود هر كدام از آنها، مشكلات ديگرى با خود بياورند. از جمله يكى از مهم‌ترين آنها، مشكل انتخاب حقوقدانان شوراى نگهبان بود كه در سال ١٣٨٠ ه. ش، بين مجلس و قوه قضائيه پيش آمد و در صورت حل نشدن آن، مراسم سوگند رياست جمهورى با مشكل مواجه مى‌شد. «١» طبق آمارهاى اعلام شده توسط مجمع، تاكنون بيش از شصت مورد مورد از معضلات نظام از طريق مجمع حل شده است. «٢» ٢. وظايف و اختيارات در قوه مجريه‌ طبق اصل ١١٣ قانون اساسى، پس از مقام رهبرى، رئيس جمهور بالاترين مقام رسمى كشور است و رياست قوه مجريه نيز بر عهده اوست؛ امّا در همين اصل يادآورى شده است كه رئيس جمهور در بخشى از قوه مجريه كه به طور مستقيم توسط رهبر اداره و هدايت مى‌شود، وظيفه و اختيارى ندارد. از جمله اين موارد، نيروهاى نظامى و انتظامى است. به هر حال، وظايف و اختيارات رهبرى در قوه مجريه عبارت‌اند از:
١- ٢. فرماندهى كل نيروهاى مسلح: «٣» فرماندهى كل نيروهاى مسلح جمهورى اسلامى ايران با مقام معظم رهبرى (ولايت فقيه) است. فرماندهان، رؤسا و مديران در تمام سلسله مراتب در حدود اختيارات مصوب سازمانى از طرف معظم له، فرماندهى، رياست و يا مديريت خواهند داشت. «٤» ٢- ٢. اعلان جنگ و صلح و بسيج نيروها: «٥» طبق بند پنج اصل ١١٠ قانون اساسى اعلان جنگ و صلح نيز از اختيارات ايشان است. علاوه بر اين، هنگامى كه كشور با تهاجم دشمنان خارجى روبه رو شود و يا اينكه از داخل با بحران روبه‌رو شود، بسيج نيروها براى مقابله با تهاجم يا نا امنى با رهبرى است.