سياستهاى كلى نظام زير نظر ايشان تدوين و تهيه مى‌شود، بديهى است كه نظارت بر حسن اجراى آن سياستها نيز بايد زير نظر ايشان باشد و قانون‌گذار هم به اين مسئله به خوبى توجه كرده است.
مقام معظم رهبرى در حكم تاريخ ٣/ ١١/ ١٣٧٩، جهت ابلاغ سياستهاى كلى نظام، نظارت بر حسن اجراى سياستهاى كلان نظام را نيز به مجمع تشخيص مصلحت نظام واگذار كرده‌اند. ايشان در اين حكم آورده‌اند:
اين‌جانب با توجه به اصل ١١٠ قانون اساسى، نظارت بر حسن اجراى سياستهاى ابلاغى را بر عهده مجمع تشخيص مصلحت نظام نهاده‌ام و آن مجمع موظف است با ساز و كار مصوب، گزارش نظارت خود را به اينجانب ارائه كند. «١» ٣- ١. حل اختلاف و تنظيم روابط قواى سه گانه:
قانون اساسى، تفكيك قواى سه گانه را در اصل ٥٧، مقرر داشته است. بدين ترتيب كه هر يك از قواى مذكور، وظايف مربوط به خود را انجام مى‌دهند؛ اما ممكن است بين آنها، ارتباط موضوعى در خصوص سازمان و تشكيلات و مسائل ديگر وجود داشته باشد و يا تعارض در صلاحيت آنها مشاهده شود. حل اختلاف و تنظيم روابط قوا مى‌تواند موجبات تشريك مساعى بين آنها به منظور نيل به هماهنگى و حسن اجراى امور را فراهم كند. قانون اساسى مصوّب ١٣٥٨ ه. ش، مسئوليت تنظيم روابط قواى سه گانه را به عهده رئيس جمهور قرار داده بود؛ اما در بازنگرى سال ١٣٦٨ ه. ش، اين موضوع در اصل ١١٠ (بند هفت) جزء صلاحيتهاى مقام رهبرى قرار گرفت.
٤- ١. حل معضلات نظام كه از طريق عادى قابل حل نيست:
با آنكه قانون اساسى، وظايف و اختيارات همه اركان و قوا و زمامدارى را به طور مشخص و به تفكيك معين نموده است و كارهاى حكومتى طبق اصول و ضوابط مشخص بايد صورت بگيرد، امّا ممكن است مسئله‌اى پيش بيايد كه از طريق مجراى عادى و قانونى قابل حل نباشد. در چنين مواردى، قانون اساسى اين اختيار را به رهبرى داده است كه از طريق اتخاذ تصميمات فوق العاده، معضل را حل كند. از اين رو، طبق بند هشت اصل ١١٠، حل معضلات نظام كه از طريق عادى قابل حل نيست، جزء وظايف و اختيارات رهبرى است كه از طريق مجمع تشخيص مصلحت نظام مبادرت به حل آن مى‌كند.