دستاوردهاى كارشناسى و استفاده از تحقيقات كاربردى، توسعه‌اى و بنيادى مؤسسات پژوهشى كشور، پنج كميسيون در مجمع تشكيل شده است كه عبارت‌اند از: ١. كميسيون اقتصاد كلان، بازرگانى و امور ادارى؛ ٢. كميسيون زيربنايى و توليدى؛ ٣. كميسيون حقوقى و قضايى؛ ٤. كميسيون سياسى، دفاعى و امنيتى؛ ٥. كميسيون علمى، فرهنگى و اجتماعى. «١» اعضاى اين كميسيونها از ميان اعضاى مجمع و در نخستين جلسه آن، تعيين مى‌شوند. هر كميسيون داراى يك رئيس، يك نائب رئيس و يك منشى است. اين افراد براى مدت يك سال با رأى اعضاى كميسيون تعيين مى‌شوند. «٢» ٢- ٤- ٢. دبيرخانه: به‌منظور تنظيم كار كميسيونهاى مجمع و برقرارى ارتباط با دستگاههاى مسئول دولتى و نهادها و مؤسسات عمومى غير دولتى و نظارت بر حسن اجراى سياستهاى كلى كه به تأييد مقام معظم رهبرى رسيده است و پيگيرى آنها و نيز ابلاغ مصوبات و تصميمهاى مجمع و ... دبيرخانه آن تشكيل شده است. مسئوليت دبيرخانه با دبير مجمع است كه در حال حاضر محسن رضايى است. دبير مجمع زير نظر رياست آن انجام وظيفه مى‌كند و در مواقع لزوم، رابط مجمع با مقام رهبرى است.
٣- ٤- ٢. جلسات شوراى مجمع: جلسات شوراى مجمع هنگام بحث درباره مصوبات مورد اختلاف ميان مجلس و شوراى نگهبان، مسائل مربوط به بررسى و حل و فصل معضلات نظام، تعيين سياستهاى كلى نظام و ... با حضور ٢٣ اعضا تشكيل مى‌شود و رسميت مى‌يابد. جلسات دست كم هر دو هفته يك بار تشكيل مى‌شود و تصميمات آن با اكثريت مطلق اعضاى حاضر معتبر خواهد بود. «٣» ٥- ٢. وظايف و اختيارات مجمع‌ ١- ٥- ٢. تشخيص مصلحت در مواردى كه شوراى نگهبان مصوبه مجلس را خلاف شرع يا قانون اساسى بداند:
علت اصلى و اوليه تأسيس مجمع تشخيص مصلحت نظام، حل اختلاف بين مجلس شوراى اسلامى و شوراى نگهبان بوده است؛ همچنان كه در اوّل اصل ١١٢ قانون اساسى بدان اشاره شده است.