استاد مطهرى در سال ١٣٣١ به سبب فقر مالى به تهران مهاجرت كرد. پس از مدتى در امتحانى كه براى گزينش استادى دانشكده الهيات برگزار مى‌شد شركت كرد و با نمره بيست قبول شد و به عنوان معلم روزمزد در دانشكده معقول و منقول سابق و الهيات فعلى استخدام و مشغول به تدريس گرديد. در سال ١٣٣٤ اولين جلد كتاب اصول فلسفه و روش رئاليسم منتشر شد كه مقدمه و پاورقى‌هاى آن نوشته استاد بود. اين كتاب به شوراى دانشكده برده شد و به عنوان مدركى علمى تشخيص داده شد و استاد مفتخر به درجه دانشيارى گرديد.[٢] شهيد مطهرى در ٢/ ١١/ ٤٧ به مقام دانشيارى رسيد و در تاريخ ١١/ ٩/ ١٣٥٠ به سمت مدير گروه فلسفه و حكمت اسلامى منصوب شد. مطهرى در مدتى كه در دانشكده بود ٢٢ رساله دكترا و ٢٠ رساله فوق ليسانس را راهنمايى كرد. از جمله كسانى كه رساله‌هاى دكتراى خود را با استاد گذرانده‌اند عبارتند از: شهيد دكتر محمد جواد باهنر، شهيد دكتر سيد محمد حسين بهشتى، غلامحسين ابراهيمى دينانى و دكتر اصغر دادبه.[٣]

در كنار تدريس دانشگاه، هم در انجمنهاى‌اسلامى دانشجويان به خصوص انجمن‌اسلامى پزشكان فعال بود و جزء سخنرانان اصلى محسوب مى‌شد و مباحثى چون توحيد، نبوت، معاد، حجاب، خلافت، فطرت، بانك، ربا، بيمه و ... را ارائه مى‌داد[٤] و هم جلسات خصوصى فلسفه داشت. الهيات شفا، شرح مبسوط منظومه، شرح عربى منظومه، فلسفه تاريخ، حركت و زمان و نقدى بر ماركسيسم حاصل اين جلسات است. از شاگردان ايشان در فلسفه مى‌توان از مرحوم سيد جلال‌الدين مجتبوى، دكتر حداد عادل، دكتر محقق داماد و دكتر حسين غفارى نام برد. ازسال ١٣٤٢ كم و بيش به مبارزات سياسى مى‌پردازد و دو بار به زندان مى‌افتد.[٥]

[١] - استاد مطهرى مكرر مى‌گفت:« من نسبت به امام، حالتى چون مولوى نسبت به شمس دارم، تأثير تعليم در محضر ايشان زايدالوصف است».( پاره‌اى‌ازخورشيد، ص ١٠٣؛ مصلح‌بيدار، ص ٤٠؛ علل گرايش‌به‌ماديگرى، صص ٩- ٨؛ نهضتهاى اسلامى در صد ساله اخير، صص ٨٨- ٨٧؛ مقدمه علل گرايش به ماديگرى، ص ١٠.)

[٢] - ر. ك: برفراز انديشه، صص ٨١- ٧٣.

[٣] - همان، صص ٨٥- ٨٣.

[٤] - محمد خردمند، شهيد مطهرى، مرزبان بيدارى، مركز چاپ و نشر سازمان تبليغات اسلامى، ص ٢٩.

[٥] - همان، ص ٦٨، و صلح بيدارى؛ ج ١، ص ٥٩- ٥٨.