اين انديشه كلامى سبب شد در دوران غيبت امام معصوم، ديدگاه‌هاى دوگانه‌اى درميان شيعيان در حوزه سياسى رواج يابد؛ آن‌گونه كه برخى متفكران به دليل عدم‌حضور امام، بر نامشروعى همه نظام‌هاى سياسى دوران غيبت رأى دادند و دوران غيبت را دوران تقيه ناميدند و از اين‌سو هيچ‌گونه نظام سياسى جايگزينى را نيز معين نكردند. در مقابل، گروه ديگرى از متفكران شيعى ضمن اشاره به ضرورت استمرار اجراى احكام اسلام در دوران غيبت، كوشيدند با دلايل عقلى و نقلى، ضرورت تأسيس نظام سياسى مشروع در دوران غيبت را اثبات كنند و نظام مشروعى را در دوران غيبت پيشنهاد دهند. امام‌خمينى از جمله انديشمندان شيعى است كه تأسيس حكومت مشروع در دوران غيبت را ضرورى خواند و در اين راستا نظريه ولايت‌فقيه را مطرح كرد.

امام‌خمينى در كتاب ولايت‌فقيه اين پرسش را مطرح مى‌كند:

از غيبت صغرى تاكنون- كه بيش از هزار سال مى‌گذرد و ممكن است صدهزار سال بگذرد و مصلحت اقتضا نكند كه حضرت تشريف بياورد- آيا در طول اين مدت مديد، احكام اسلام بايد زمين بماند و اجرا نشود و هركه هركارى خواست، بكند؟ آيا قوانين كه پيغمبر اسلام در راهِ بيان و تبليغ و نشر و اجراى آن ٢٣ سال زحمت طاقت‌فرسا كشيد، فقط براى مدت محدودى؟ آيا خدا اجراى احكامش را محدود كرد به دويست سال، و پس از غيبت صغرى اسلام ديگر همه چيزش را رها كرده است؟[٢]

وى مى‌افزايد:

اعتقاد به چنين مطلبى بدتر از اعتقاد و اظهار و ... منسوخ شدن اسلام است. هيچ كس نمى‌تواند بگويد ديگر لازم نيست از حدود و ثغور و تماميت ارضى وطن اسلامى دفاع كنيم يا امروز ماليات و جزيه و خراج و خمس و زكات نبايد گرفته شود [و يا بايد]

[١]. شيخ عباس قمى، مفاتيح الجنان، دعاى ندبه و دعاى افتتاح.

[٢]. روح‌الله موسوى‌خمينى( امام)، ولايت‌فقيه، ص ٣٤.