زندانی شد. از کلمات آن حضرت است خطاب به بعضی از شیعیان:«ای فُلانُ اتَّقِ اللَّهَ وَ قُلِ الْحَقَّ وَ انْ کانَ فیهِ هَلاکک فَانَّ فیهِ نَجاتَک. وَدَعِ الْباطِلَ وَ انْ کانَ فیهِ نَجاتُک فَانَّ فیهِ هَلاکک» [١] خود را از غضب خدا حفظ کن و سخن حق را بیپروا بگو هرچند نابودی تو در آن باشد. اما بدان که حق موجب نابودی نیست، نجات دهنده است. باطل را همواره رها کن هرچند نجات تو در آن باشد، و هرگز باطل نجات بخش نیست، بالاخره سبب نابودی است.

شیخ مفید درباره آن حضرت میگوید: او عابدترین و فقیهترین و بخشندهترین و بزرگ منشترین مردم زمان خود بود. زیاد تضرع و ابتهال به درگاه خداوند متعال داشت. این جمله را زیاد تکرار میکرد:«اللَّهُمَّ انّی اسْأَلُک الرّاحَةَ عِنْدَالْمَوْتِ وَ الْعَفْوَ عِنْدَ الْحِسابِ» [٢]. بسیار به سراغ فقرا میرفت. شبها در ظرفی پول و آرد و خرما میریخت و به وسائلی به فقرای مدینه میرساند درحالی که آنها نمیدانستند از ناحیه چه کسی است. هیچ کس مثل او حافظ قرآن نبود. با آواز خوشی قرآن میخواند. قرآن خواندنش حزن و اندوه مطبوعی به دل میداد. شنوندگان از شنیدن قرآنش میگریستند. مردم مدینه به او لقب «زین المجتهدین» داده بودند.

هارون در سال ١٧٩ به قصد حج از بغداد خارج شد. ابتدا به مدینه رفت. در همان جا دستور جلب امام را صادر کرد. مردم مدینه زیاد متأثر شدند و مدینه یکپارچه غلغله شد. هارون دستور داد شبانه امام را در یک محمل سرپوشیده به بصره روانه کردند و به پسر عمش عیسی بن جعفر عباسی که حاکم بصره بود تحویل دادند و در آنجا آن حضرت را زندانی کردند، و روز بعد برای غلطاندازی و اشتباهکاری بر مردم، دستور داد محمل دیگری سرپوشیده به طرف کوفه حرکت دهند تا مردم گمان کنند آن حضرت را به کوفه بردهاند، از طرفی امیدوار و مطمئن گردند که چون به کوفه فرستاده میشود و آنجا مرکز دوستان و شیعیان آن حضرت است خطری متوجه آن حضرت نخواهد شد و از طرف دیگر اگر عدهای قصد داشته باشند مانع حرکت موسی بن جعفر علیه السلام گردند و آن حضرت را از بین راه برگردانند ذهنشان متوجه راه کوفه بشود.

یک سال در زندان بصره بود. هارون دستور داد به عیسی که کار موسی بن جعفر

[١]. تحف العقول، ص ٤٠٨.[٢]. ارشاد، ص ٢٩٦.