عمقش عميق‌تر بوده در زمان خودش كه امثال صاحب هدايه المسترشدين ديده و صاحب فصول. صاحب فصول تعقل فلسفيش عميق‌تر از تعقل فلسفى معاصرين خودش است و همچنين برادرش مرحوم حاج شيخ محمد تقى صاحب هدايه المسترشدين. ولى هر چه عمق فلسفى بيشتر مى‌شود، توجه به اين نكته پيدا مى‌شود كه كجا در مباحث اصولى بايد از فلسفه استفاده كرد و كجا نبايد استفاده كرد. هر چه عمق فلسفى غنى‌تر مى‌شود به اين نكته بيشتر توجه مى‌شود.

اصول سامراء كه ميرزاى شيرازى بنيان كرده و بعد مرحوم آقا سيد محمد فشاركى، هر دوى اينها از افرادى هستند كه به معقول آشنايى كامل دارند، ولى در نوشته‌هايشان ورود افراطى به مسائل عقلانى و فلسفى كمتر ديده مى‌شود و اين يك منهج بسيار مهمى است. اما منهج مخصوص به خودش است كه مقابل منهج نجف قرار مى‌گيرد. در زمانى كه آقا سيد محمد فشاركى در سامرا بوده است، همان زمان آخوند كفايه را مى‌نوشته است. در همان زمانى كه مرحوم ميرزاى شيرازى اواخر عمرش بوده و آقا سيد محمد فشاركى تدريس مى‌كرده و علماى سامرا تربيت مى‌شدند، همان زمان آخوند خراسانى در نجف كفايه را تدريس مى‌كرده است.

اما منهجى كه در سامرا بنيان شده است، روش ساده نويسى، عرفى نويسى و به دور از ورود در مسائل عقلانى و

فلسفى بود؛ ولى روشى كه در نجف پيش گرفته مى‌شده‌