و فكرى و از دست دادن كتابخانه بزرگ شخصى خود، رهسپار نجف شدو حوزه علميه آن شهر را بنياد نهاد و دوازده سال آخر عمر پرثمر خود را در آن ديار قدس، به تأليف و تصنيف و تدريس گذراند و سرانجام در سال ٤٦٠ ه. ق چشم از جهان فرو بست. «١» حقايق التأويل فى متشابه التنزيل‌ تفسير ياد شده يكى از آثار ارزشمند سيّد رضى است كه داراى ده جزء بوده است.
متأسفانه نه جزء آن بعد از وفات مؤلف مفقود شده و فقط جزء پنجم آن كه تفسير سوره آل عمران تا آيه ٤٨ سوره نساء است، باقى مانده است. تفسير حقايق التأويل چنانكه ازنامش آشكار است، تمام آيات متشابه را تفسير كرده است. افسوس كه از آن سرمايه بزرگ قر آنى، تنها يك جلد در دست ماست. «٢» روش تفسيرى سيد رضى: روش سيد رضى در تفسير اين آيات، بر اين منوال بوده كه ابتدا خود ذيل عنوان «بيان شبهه» با طرح سؤال، تناقضات ظاهرى كه به ذهن خواننده اين آيات خطور مى‌كند را مطرح كرده و سپس به طور مشروح به پاسخ‌گويى مى‌پردازد.
در پاسخگويى اقوال عالمان را نقل كرده و قول صحيح را انتخاب و يا نظر خويش را بيان مى‌دارد. به عنوان نمونه به ذكر يك مورد از تفسير ايشان مى‌پردازيم.
سيد رضى در تفسير آيه:
«ياايُّهاالَّذينَ اوُتوُا الْكِتابَ امِنوُا بِما نَزَّلْنا مُصَدِّقاً لِما مَعَكُمْ مِنْ قَبْلِ انْ نَطْمِسَ وُجوُهاً فَنَرُدَّها عَلى‌ ادْبارِها اوْ نَلْعَنَهُمْ ...» «٣» اى كسانى كه كتاب (خدا) به شما داده شده به آنچه نازل كرديم و هماهنگ با نشانه‌هايى است كه با شماست، ايمان بياوريد، پيش از اين كه صورتهايى را محو كنيم، سپس به پشت سر باز گردانيم يا آنها را از رحمت خويش دور سازيم بيان مى‌دارد كه اين آيه، اهل كتاب را تهديد نموده كه اگر ايمان نياورند، خداوند در