در بحثهاى علوم قرآنى، ايشان در بحثى به مسأله اعجاز و اعجاز قرآن و اثبات جنبه‌هاى مختلف آن در طى ٢٨ صفحه پرداخته‌اند. «١» و يا در زمينه تحريف قرآن و پاسخگويى به شبهات تحريف، بحثى را در ٧ فصل مطرح نموده كه از جامعترين مباحث الميزان است. «٢» در مباحث كلامى نيز، مطالب به شكل منقّح و زيبا و بطور مشروح مورد بحث قرار گرفته است. در اين مورد به اين نمونه‌ها مى‌توان اشاره كرد: بحثى پيرامون شفاعت در ٣٢ صفحه به همراه سه بحث روايى، فلسفى و اجتماعى در همين زمينه. «٣» بحثى در مورد حبط اعمال و مسائل مربوط به آن با عنوان بحث علمى در ٥٤ صفحه. «٤» در مباحث اخلاقى نيز، اين تفسير به گونه‌اى زيربنائى وارد شده و مباحث گسترده‌اى را پى ريزى كرده است. مثلًا در بحثى پيرامون معرفت نفس، پس از بيان آيات، در بحثهاى روايى و علمى مطالبى را در ٣٢ صفحه آورده است «٥» و يا در بحثى ذيل آيات مربوط به پيامبران گذشته به اخلاق آنان اشاره كرده و به سنت‌ها و روش و آداب پيامبر اكرم صلى الله عليه و آله در يك بحث روايى مفصّل پرداخته است. «٦» مباحث اجتماعى نيز در اين تفسير، جايگاه ويژه‌اى دارد. ايشان در موردى در حدود ٤٠ صفحه به بحث پيرامون روابط اجتماعى در اسلام نشسته «٧» و بحث مفصّل ديگرى در مورد شخصيّت زن در اسلام آورده است. «٨» نمونه ديگر در همين زمينه، بحثى قرآنى و روايى در زمينه كليات حوادث آخرالزمان است كه در جلد پنجم تفسير به آن پرداخته شده است. «٩»