فرحمه وترك في الاسطوانة فرجة يدخل منها الروح وقال للغلام: لا بأس عليك فاصبر فإني سأخرجك من هذه الاسطوانة في جوف الليلة القابلة فلما جن الليل جاءه البناء فأخرجه وقال له اتق الله في دمي ودم العملة الذين معي وغيب شخصك ثم أخذ شعره بآلات الجصاصين وقال له: انج بنفسك ولا تعرض بدمك ودمي قال الغلام فإن كان الأمر هكذا فعرف أمي سلامتي ليقل جزعها وبكاؤها وعرفه مكان أمه ثم هرب الغلام على وجهه وأعطاني علامة لها فانتهيت إليها في الموضع الذي دلني إليه فسمعت دويا كدوي النحل من البكاء فعلمت أنها أمه فدنوت منها وعرفتها الخبر وأعطيتها شعر ابنها والعلامة وعرفتها سلامته فشهقت شهقات متتابعة وغشي عليها.

وروى الكليني عليه الرحمة عن أبي أيوب قال: بعث إلي أبو جعفر المنصور في جوف الليل فدخلت عليه وهو جالس على كرسي وبين يديه شمعة وفي يده كتاب فلما سلمت عليه رمى الكتاب إلي وهو يبكي وقال: هذا كتاب محمد بن سليمان يخبرنا أن جعفر بن محمد قد مات فإنّا لله وإنا إليه راجعون ثلاثا وأين مثل جعفر ثم قال لي: اكتب فكتبت مصدر الكتاب ثم قال: اكتب إنْ كان أوصى إلى رجل بعينه فقدمه واضرب عنقه قال: فرجع الجواب أنّه قد أوصى إلى خمسة أحدهم أبو جعفر المنصور ومحمد بن سليمان وعبدالله وموسى أبناء جعفر وحميدة فقال المنصور: ليس إلى قتل هؤلاء سبيل.

والمشهور أنّ وفاته عام ثمانية وأربعين ومئة وعمره (ع) قيل خمس وستون سنة وقيل ثمان وستون سنة وذكر ابن بابويه أنّ المنصور قد سمّه. وروي أنّه أغمي عليه عند موته فلما أفاق قال (ع): (أعطوا الحسين بن الحسن (ابن علي الأصغر ابن الإمام زين العابدين) وهو الأفطس سبعين دينارا واعطوا فلانا كذا) فقيل له أتعطي رجلا حمل عليك بالشفرة يريد أن يقتلك قال (ع): (أتريد أن لا أكون من الذين قال الله تعالى في حقهم‌ وَالَّذينَ يَصِلُونَ مَاامَرَ اللهُ بِهِ انْ يُوصَلَ وَيَخْشَوْنَ رَبَّهُمْ وَيَخَافُونَ سُوءَ الْحِسَابِ‌ إنّ الله خلق الجنة فطيبها وطيب ريحها وإنّ ريحها ليوجد من مسيرة ألفي عام ولا يجد ريحها عاق ولا قاطع رحم).