آیت الله خامنه ای با اشاره به مسئله وحدت حوزه و دانشگاه گفت: «امروز هم دانشگاه ما و هم حوزه علمیه ما به یک تحول بنیادی نیازمند است. این تحول باید دو چیز را برای حوزه و دانشگاه تأمین کند. هریک از این دو چیز را که تأمین نکند، یقیناً این تحول درست انجام نگرفته، یکی از این دو چیز علم است. دانشگاه باید هر تحولی را که قبول می کند درجهت افزایش بنیه علمی اش باشد. آن تحولی، آن تغییری، آن عزل و نصبی که دانشگاه را از علم و عالم خالی کند، تحول مبارکی نیست. هم حوزه و هم دانشگاه باید میزان و مایه علمی خودشان را زیاد کنند، این مملکت اگر می خواهد به خودکفایی برسد، عالم می خواهد، طبیب می خواهد، مهندس می خواهد، متخصصین بالا می خواهد. ما نمی توانیم از بیگانگان گدایی کنیم. آن هم آدم و متخصص با انگیزه های پلید و خطرناک. ما خودمان باید خودمان را اداره کنیم. سطح علمی دانشگاه ها باید برود بالا.»

امام جمعه تهران در ادامه ضمن تأکید بر نیاز جامعه به فقیهان دین شناس و قانون شناس و وظیفه حوزه های علمیه دراین مورد افزود: «اولین نکته در حوزه و دانشگاه بالابردن سطح علمی و قوام دادن به مایه و بنیه علمی است و دوم جهت گیری انقلابی. آن علمی که انقلاب را رد کند، آن علمی که تعهد اسلامی را نفی کند، آن علم جز ضرر چیزی نخواهد بود. این حرف معنایش این نیست که همه اساتیدی که در دانشگاه هستند باید جزو متدین های درجه یک باشند. اخذ سند نشود. اساتیدی هستند در دانشگاه ها و می توانند باشند که حاضرند در خدمت انقلاب قرار بگیرند و دانش خودشان را دراختیار دانشجوها بدهند، بیایند کار کنند. لازم نیست که همه اساتیدی که تدریس می کنند ازلحاظ تعهد اسلامی یا معرفت اسلامی در سطوح بالایی باشند. متخصصینی هستند که ازلحاظ تعهد اسلامی یا معرفت اسلامی در سطوح بالایی باشند، متخصصینی هستند که ازلحاظ تعهد یا ازلحاظ معارف و عمل اسلامی خیلی بالا نیستند، عیبی ندارد بیایند. وقتی حاضرند در خدمت دانشگاه جامعه اسلامی قرار بگیرند بیایند، مانعی ندارد. اما جهت گیری انقلاب درمجموع دانشگاه باید حفظ بشود و نهادهای انقلابی ای که در دانشگاه هستند وظیفه خودشان [را] این بدانند. وظیفه آنها این است که جهت گیری انقلابی در دانشگاه محفوظ بماند. مسائل علمی جداست، حفظ تعهد و روش و منش و جهت گیری و حرکت انقلابی در دانشگاه چیز جدایی است. البته مدیریت ها باید هر دو را دارا باشند تا جهت گیری فراموش نشود و به خطا و اشتباه نیفتد. و در حوزه های علمیه هم همچنانی که حوزه های علمیه پیشروان و پیشگامان این نهضت بودند امروز هم باید پرچمداران این انقلاب باشند و بمانند.»[١]

[١] مرکز مدارک فرهنگی انقلاب اسلامی، در مکتب جمعه (مجموعه خطبه های نماز جمعه تهران)، جلد ٧، تهران: وزارت فرهنگ و ارشاد اسلامی، ١٣٦٦، صص ٣٠٨ - ٣٠١.