ابو عبيد مى‌گويد: شيخ پس از كناره‌گيرى از كار سياست پنهانى به علاء الدوله كاكويه، فرمان‌رواى اصفهان، نامه‌اى نوشت. در آن نامه مصاحبت وى را خواستار شد، و خود در خانه «ابو غالب عطار» پنهان گرديد.

در اين گوشه انزوا من از شيخ خواهش كردم تا كتاب شفا را تمام كند. شيخ ابو غالب را فراخواند، و از وى كاغذ و دوات خواست. وسيله كار فراهم گرديد و شيخ- بى‌آنكه به كتابى و مأخذى رجوع كند- به نگارش پرداخت. ابتدا رءوس مطالب را نوشت، آنگاه به هر مسأله‌اى مى‌نگريست و آن را شرح مى‌كرد.

در هر شبانه‌روز پنجاه ورق بدين روش مى‌نوشت تا همه طبيعيات و الهيات را به پايان رسانيد، و تنها كتاب حيوان و كتاب نبات باقى ماند.

زندانى شدن ابن سينا

پس از چندى، تاج الملك وزير، شيخ الرئيس را به مكاتبه با علاء الدوله متهم كرد. به جستجو پرداخت تا وى را دستگير ساخت و در قلعه «فردجان» به زندان افكند. شيخ چهار ماه در اين زندان به سر برد تا آنگاه كه علاء الدوله به همدان حمله‌ور شد و آنجا را بگرفت. سماء الدوله و تاج الملك، از ترس جان، به قلعه فردجان- كه شيخ در آنجا زندانى بود- پناه بردند. علاء الدوله به اصفهان بازگشت، و اين امير و وزير فرارى به اتفاق شيخ، از قلعه بيرون آمدند و بر سر خانمان شدند. شيخ پس از ورود به همدان در خانه «علوى» فرود آمد، و ديگر بار به نگارش منطق شفا پرداخت. در زندان نيز كتاب هدايه و رساله حى بن يقظان را تصنيف كرده بود.

فرار به اصفهان ٤١٤ ه- ١٠٢٣ م‌

ابو عبيد مى‌گويد: روزگار به دشوارى مى‌گذشت، تاج الملك به شيخ وعده‌ها مى‌داد، و شيخ در انديشه سفر به اصفهان و پيوستن به علاء الدوله بود. سرانجام فرصت مناسب پيش آمد. شيخ و برادرش و من و دو غلام در لباس صوفيان از همدان بيرون شديم، و راه اصفهان در پيش گرفتيم تا پس از رنج بسيار به روستاى «طيران» نزديك دروازه اصفهان رسيديم.

دوستان شيخ و نديمان علاء الدوله به پيشواز آمده و جامه و مركب مناسب به همراه آورده بودند. شيخ را با اعزاز و اكرام در محله «كونگنبد» به خانه عبد اللّه بن بى‌بى- كه از هر جهت آراسته شده بود- فرود آوردند.

علاء الدوله- پس از ورود شيخ- فرمان داد كه هر شب جمعه شيخ و ديگر دانشمندان اصفهان در كاخ پادشاهى و در پيشگاه او مجلس بحث و مناظره علمى برپا دارند. در اين مجلس هفتگى هيچ يك از