وحيي وخليفتي في أرضي ولمن تولاك أوجبت رحمتي وفتحت جناتي وأحللت جواري ثم وعزتي وجلالي لأصلين من عاداك أشد عذابي وإن وسعت عليهم في الدنيا سعة رزقي، قال (ع): فإذا انقضى صوت المنادي أجابه وهو واضعا يديه على الأرض رافعا رأسه إلى السماء أشهد الله أنّه لا إله إلا هو والملائكة وأولوا العلم قائما بالقسط لا إله إلَّا هو العزيز الحكيم قال (ع): فإذا قال ذلك أعطاه الله العلم الأول والعلم الأخر واستحق زيارة الروح في ليلة القدر قلت: والروح ليس هو جبرائيل قال (ع): الروح خلق عظيم أعظم من جبرائيل إن جبرائيل لمن الملائكة والروح خلق أعظم من الملائكة أليس الله تعالى يقول تَنَزَّلُ الْمَلَائِكةُ والرُّوحُ فِيهَا.

وروى أنه أطعم الناس ثلاثة أيام في ولادة ابنه فرحا وسرورا بولادته.

وروى ان الرشيد قال يوما لبعض ثقاته أتعرفون لي رجلا من آل أبي طالب ليس بواسع الحال يعرّفني ما أحتاج إليه؟ فدل على علي بن إسماعيل بن جعفر بن محمد (ع). وفي رواية محمد بن إسماعيل فحمل إليه يحيى بن خالد مالا وكان موسى بن جعفر (ع) يأنس إليه ويصله وربماأفضى إليه ببعض أسراره فكتب إليه خالد بالشخوص إلى بغداد فأحس الإمام بذلك فدعاه فقال (ع): (إلى أين يا ابن أخي)، قال: إلى بغداد قال (ع): (ما تصنع)؟ فقال: عليّ دين وأنا مملق قال (ع): (أنا أقض دينك وأزيدك) فلم يلتفت إلى ذلك فعند ذلك قال له الإمام (ع): (انظر يا ابن أخي لا توتم أولادي)، ثم أمر له بثلاثمائة دينار وأربعة آلاف درهم فلما قام من بين يديه قال أبو الحسن لمن حضره (والله ليسعين في دمي ولييتمن أولادي) فقلنا له جعلنا الله فداك أنت تعلم هذا من حاله وتعطيه وتصله فقال (ع) لهم: (نعم حدثني أبي عن آبائه عن رسول الله (ص) أن الرحم إذا قطعت فوصلت قطعها الله)، فخرج ابن إسماعيل حتى اتى يحيى بن خالد فتعرف منه خبر الإمام ورفعه إلى الرشيد فلما دخل على الرشيد سلم عليه بالخلافة وقال: ما ظننت في الأرض خليفتين حتى رأيت عمي موسى بن جعفر يسلم عليه بالخلافة وإنّ الأموال لتحمل إليه من المشرق والمغرب وأن له بيوت أموال فأمر له الرشيد بمائتي ألف درهم فلما رجع إلى أهله عرض له عارض في حلقه فمات في تلك الليلة وقيل: إنّه خرج يتبرز