هجري اين افکار مشايي و اشراقي را به نقد کشيد. او علاوه بر مطالبي که در اين دو مکتب مطرح شده بود، از مسائل عرفاني نيز بهره جست و با استفاده از متون ديني، تربيت اسلامي و آشنايي با قرآن کريم و روايات ائمه(عليهم السلام) يک مکتب فلسفي جديد بنيان نهاد و آن را حکمت متعاليه ناميد. از قرن يازدهم هجري و پس از صدرالمتألهين تا قرن معاصر، روند حرکت فلسفي در ايران يکنواخت و بدون ابتکار و طرح مسائل جديد بود و نگرش‌هاي نوين و پژوهش‌هاي متناسب با نيازهاي عصر به‌گونه شايسته مطرح نمي‌شد. بيشتر فعاليت‌هاي فلسفي، توضيح حرف‌هاي صدرالمتألهين و تنظيم همين مطالب بود. در طول اين مدت که فلسفه‌ به اين شکل در کشورهاي اسلامي پيشرفت مي‌کرد، ارتباط فلسفه اسلامي با حکمت غربي قطع بود.

اصولاً فلسفه از راه کشورهاي اسلامي به اروپا وارد شد. با اينکه زادگاه و پرورشگاه فلسفه يونان بود، در قرون وسطا تفکر فلسفي دچار توقف و جمود شده و حتي افکار ارسطو و افلاطون در اروپا به‌درستي ناشناخته بود؛ تا اينکه کتاب‌هاي ابن‌رشد و ابن‌سينا در اندلس رواج يافت و از آنجا وارد اروپا شد. در واقع اروپا پس از عصر ايستايي قرون وسطا، از راه افکار فيلسوفان مسلمان با افکار يونان باستان آشنا شد. ولي پس از رنسانس تا زمان معاصر ارتباط روشني بين مجامع فلسفي اروپا و محافل فلسفي شرق و اسلام وجود نداشت. در اروپا حرکت فلسفي روندي ويژه يافته و در اثر رواج تجربه‌گرايي و حس‌گرايي، مکاتب فلسفي جديدي پيدا شده بود. البته به جاي آنکه يک مسير مستقيم و روال مداوم در فلسفه به وجود آيد، افکاري پراکنده‌ در محافل فلسفي مطرح مي‌شد که بسيار با هم متناقض و متفاوت بود و هيچ يک استحکام و اتقان کافي را نداشت. همه اين مشرب‌هاي فلسفي، از مادي و الحادي تا آنها که از فلسفه الاهي دم مي‌زدند، بدون اينکه از افکار حکماي اسلامي آگاه باشند، راه خود را مي‌پيمودند. از سوي ديگر در شرق اسلامي نيز فلسفه سنتي بدون توجه به افکار فلسفي غربي به مسير

‌