او نگارنده تاريخ فيلسوفان است كه سجستانى و بيرونى و ابن ابى اصيبعه از ان ياد كرده‌اند، از او است گزارش قاطيغورياس و دوآنالوطيقا و طوبيقا و سماع طبيعى و كون و فساد و مابال (ابن ابى اصيبعه ١: ١٠٤- گفتار من درباره تاريخ تاريخ فلسفه) و ردى بر ارسطو دارد.

ابن سينا در اختلاف الناس فى امر النفس و امر العقل (مهدوى ١٢) كه همان نامه أو به كيا است (آغاز مباحثات چاپ بدوى در ارسطو عند العرب ص ١٢١ و ص ٢٨ ديباچه) از خرده‌گيرى يحيى نحوى از ارسطو ياد مى‌كند و آن را سست مى‌خواند و مى‌گويد كه من آن را در نگارش بزرگم بنام شفاء رد كردم و شكوكى را كه او آورده است همه كس در نمى‌يابند و بايد هم با ژرف نگريستن به سماع طبيعى آن را تباه ساخت. ابن سينا گويا در اينجا از فارابى پيروى كرده باشد (رسائل فلسفى بدوى ص ١٧ و ١٠٨) گويا به پيروى از يوحناى فيلوپونس كه نمونه‌اى از ردش بر ارسطو در صوان الحكمة سجستانى (ص ٢٧٦) مى‌بينيم (گفتار كرامرJoelL .Kraemer در روزنامه انجمن خاورشناسى آمريكاJAOS سال ١٩٦٥ (٨٥: ٣) ص ٣١٩- ٣٢٧) گروهى از دانشمندان مانند ابو حاتم رازى و ابن رضوان مصرى و غزالى طوسى كه ابن رشد از اين دو خرده گرفته است و ديگران، بر فلسفه و به ويژه بر ارسطو و فارابى رد نوشته‌اند. از پيروان غزالى كه مى‌گويند نگارش يوحنا را در دست داشته و در تهافت از شفاء و رساله معاد و اضهويه خرده گرفته است (ترجمه شفاء از قنوانى ٣٧- ٤٣) مى‌توان اينان را برشمرد:

افضل الدين غيلانى، شهرستانى، سيد اسماعيل گرگانى، سهلان پسر ساوى كه خرده‌گيرى‌هايى از نجات كرده است (روان كوشكو ١٥/ ٢٠٤٢ گ ١٧٦ پ- ١٨٨ پ)، شهاب الدين يحيى سهروردى، ابن العربى، شهاب الدين عمر سهروردى، اثير الدين ابهرى، علاء الدين لقمان خوارزمى، مكلاتى، قطب راوندى، خواجه‌زاده رومى، علاء الدين طوسى، جامى، شاه محمد قزوينى، محمد امين بن معين الدين، حسام الدين لاهيجى، محمد طاهر شيرازى، محمد كاشانى، محمد جعفر شيخ الإسلام سپاهانى، پردازنده توحيد نامه در جلاء القلوب، محمد على بهبهانى شيرازى، ابو سعيد ظهور الحق، عبد الله رومى مستجى‌زاده.