درگيرى ميان مسلمانان و مسيحيان پايان نيافت و قدس تا سال ١٢٤٤ م/ ٦٤٢ ه. زير حكومت صليبيها باقى ماند. در فصل تابستان اين سال هزار جنگجوى نيرومند خوارزمى خود را به بيت‌المقدس رساندند و در يازدهم ژوئيه سال ١٢٤٤ به آن حمله كردند. جنگ در كوچه و خيابان درگرفت و حاكم فرنگى شهر در هنگام حمله از دژ همراه فرمانده ميهمان‌نوازان به قتل رسيد. اما نگهبانان دست از مقاومت برنداشتند؛ و چون از فرنگ نيروى كمكى نرسيد از ناصر- امير كرك- نزديك‌ترين هم‌پيمان مسلمانان- تقاضاى همكارى كردند. ولى ناصر گرايشى به صليبيها نداشت و از هم‌پيمانى با آنان بر ضد خوارزميهاى مسلمان خوددارى ورزيد. ناصر شمارى از لشكريان را فرستاد تا از خوارزميها بخواهند كه در صورت تسليم شدن محافظان شهر، به آنان امان داده شود، اما محافظان حاضر به تسليم نشدند و ناصر نيز از پيشنهاد خويش دست برداشت و شهر را به حال خود رها كرد.
در ٢٣ آگوست سال ١٢٤٤ م حدود شش هزار تن از فرنگيان صليبى، از مرد و زن و كودك، شهر را ترك گفته آن را به خوارزميها سپردند. صليبيها در حال حركت به سوى يافا نگاهى به عقب انداختند و ديدند كه پرچمهاى فرنگيان روى برجهاى شهر برافراشته است. شمار زيادى با اعتقاد به اينكه براى آنها كمك رسيده با اصرار به شهر بازگشتند. اما در پاى ديوارها گرفتار كمين شدند و حدود دو هزار تن از آنان به قتل رسيدند. كسانى هم كه به حركت به سوى يافا ادامه دادند نيز در معرض حملات مسلمانان قرار گرفتند، به طورى كه از مردانشان بيش از سيصد تن به يافا نرسيدند. به اين ترتيب بيت‌المقدس براى هميشه از چنگ فرنگيان بيرون آمد و تا هفتصد سال بعد كه «آلن بى» آنجا را مورد حمله قرار داد، لشكرى مسيحى از دروازه‌هاى شهر نگذشت.