حاكميت ولى فقيه‌ حكومت و حاكميت از آن خداست و كسانى مى‌توانند اين حاكميت را اعمال كنند كه ماذون از طرف خداوند باشند. اعمال حاكميت الهى در جامعه بشرى از طريق پيامبران و امامان معصوم (ع) است و اعتقاد به امامت امام عادل از ضروريات است. امام صادق (ع) دراين‌باره فرمود:
«انَّ اللَّهَ اجَلُّ وَ اعْظَمُ مِنْ انْ يَتْرُكَ اْلَارْضَ بِغَيْرِ امامٍ عادِلٍ» «١» خداوند برتر و بزرگتر از آن است كه زمين را بدون امام عادل واگذارد.
با شهادت امام حسن‌عسكرى (ع) در سال ٢٦٠ ه. ق، بنابر مصلحت الهى، غيبت امام دوازدهم آغاز شد و در مدت ٦٩ سال از طريق چهار نفر از نوّاب خاص خود با شيعيان ارتباط داشت و پس از آن (كه دوران غيبت كبرى ناميده مى‌شود) فقهاى عادل در سرپرستى امت و زعامت مسلمانان نايب عام آن حضرت هستند.
دلايل حاكميت ولى فقيه‌ الف- دليل عقلى‌ سيره عقلا وحكم عقل اين است كه انسان در هر كارى به اهل فنّ مراجعه كند.
خبره‌ترين و آگاهترين افراد به احكام اسلام، فقها هستند. احكام مربوط به جهاد و دفاع، اجراى حدود و تعزيرات، گرفتن و مصرف مالياتهاى اسلامى، تنظيم روابط سياسى با دولتها، هدايت جريان امر به معروف و نهى‌از منكر، حلّ و فصل دعاوى و صدور حكم و بطور كلى فعّاليّتهاى حكومت اسلامى كه بايد منطبق با موازين اسلام باشد، بدون تصدى ونظارت فقيه كه احاطه بر احكام اسلام دارد، امكان پذير نيست، البته اين حكم عقل، شامل همه فقها نمى‌شود و فقط فقهاى عادل و توانا را در بر مى‌گيرد.