نابودى درخت نفاق‌نمى‌رفت و ليكن به خاطر سرپيچى از دستورهاى ايشان و خودسرى سپاهيان آن حضرت، نتايج وخيمى متوجه اسلام و مسلمانان شد. اين نتايج ناگوار، گوياى اين حقيقت است كه عامل اصلى انحراف، ضعف آگاهى و عدم بينش سياسى آنها بوده است.
جنگ صفين نمونه‌اى از ساده لوحى و بى اطلاعى نيروهاى نظامى است. براثر جهل سپاه شام بود كه معاويه توانست دهها هزار نفر را تحت عنوان سپاه اسلام به جنگ با حضرت على (ع) وادارد و از طرف ديگر نداشتن آگاهى و تحليل سياسى اصحاب حضرت على (ع) وفقدان تبعيت لازم از آن حضرت بود كه ضايعه جبران ناپذيرى را به اسلام وارد ساخت. آنها حتى دشمن شناس نيز نبودند، بطورى كه در لحظات پيروزى، نيرنگ معاويه مبنى بر «سر نيزه كردن قرآن» كارگر افتاد و اصرار آن حضرت براى ادامه جنگ به جايى نرسيد و سرانجام كار به حكميت انجاميد و سرنوشت ملت اسلام با اين توطئه دگرگون شد.
پيدايش خوارج «١» و آغاز جنگ نهروان از سوى آنها، نمونه ديگرى از ناآگاهى و جمود فكرى نيروهاى مسلح در زمان امام بود. جهل و نادانى بيش از حدّ آنها باعث شد تا امنيت جامعه را به خطر اندازند. و در نهايت، با قيام مسلحانه عليه امام (ع) آن حضرت را مجبور كنند كه سپاه آماده جنگ با معاويه را به جنگ با آنها گسيل دارد. هر چند خوارج بر اثر اين جنگ، شكست سختى خوردند، ولى بروز چند دستگى و اختلاف در بين مسلمانان و بدبينى نسبت به امام و افزايش روح تمرد و عصيان در ارتش اسلام از عواقب جنگ نهروان بود بگونه‌اى كه امام ديگر نتوانست آنها را براى جنگ آماده كند، و شهادت آن بزرگوار به دست خوارج آغازى بود بر پايان حكومت عدل اسلامى. «٢» اگر خوارج اهل تحليل بودند و معيارى براى سنجش حق و باطل داشتند و علل و عوامل حوادث را پيگيرى مى‌كردند هرگز كار به جنگ كشيده نمى‌شد. ناآگاهى آنها باعث شد كه حكومت اسلامى به دست خاندان بنى اميه بيفتد.