اوج اين حركت و خروش مردمى، يورش به كاخ سلطنتى و حمله به مراكز حساس دولتى بود كه تاج و تخت شاه را در معرض خطر قرار داد. شاه براى درهم كوبيدن قيام عمومى مردم دستور سركوبى را صادر كرد. رگبار مسلسل به طرف تظاهر كنندگان آغاز شد و تعداد زيادى از مردم تهران در خاك و خون غلتيدند. فجيع‌ترين اين كشتارها سر پل «باقرآباد» بود كه صدها دهقان ورامينى بخاك و خون كشيده شدند. در روز شانزده خرداد نيز تهران صحنه خون و آتش بود بطورى كه در اين روز نيز تعداد زيادى از مردم كشته شدند. همزمان با قم و تهران در شهرهاى ديگر نيز مردم بپا خاستند. شيراز از جمله شهرهاى پرتحرك در قيام پانزده خرداد بود.
آمار دقيق كشته‌شدگان پانزده خرداد هرگز مشخص نشد، بطورى كه از چهار هزار تا پانزده هزار نفر ذكر شده است. شدت تظاهرات و شعارهاى مطرح شده كه بطور مستقيم متوجه شاه بود، رژيم را سخت به وحشت انداخت بطورى كه هيأت حاكمه با فرمان آتش به قصد نابودى مردم، تصميم گرفت به هر طريق ممكن و با هر تعداد كشته و مجروح اوضاع را به حال عادى برگرداند. «١» از خصوصيات بارز قيام پانزده خرداد اسلامى بودن، مردمى بودن و داشتن رهبرى واحد آن بود به گونه‌اى كه در هيچ يك از قيامهاى قبلى اين سه خصوصيت با هم جمع نشده بود. خشونت بى‌اندازه رژيم را نيز به همين دليل دانسته‌اند. رژيم شاه پس از سركوبى قيام پانزده خرداد از طريق دستگاههاى تبليغاتى خود شروع به تحريف واقعيتها نمود تا بنوعى جنبه اسلامى و مردمى قيام را خدشه‌دار كند از اين رو با منتسب دانستن قيام به بيگانگان درصدد برآمد با صرف ميليونها تومان و با خريد صفحات جرايد بيگانه، اراده مردم را در هم بشكند ولى با پايمردى مردم و هوشيارى و مقاومت امام امت (ره) اين ترفندها نقش بر آب شد.
سرانجام بر اثر فشار مردم و اعلاميه‌هاى مختلف مراجع و علما و ... رژيم شاه پس از ده ماه در فروردين ١٣٤٣ ه. ش امام را از زندان آزاد نمود.