اگر بخواهيم به تمام تفاوت‌هاى شيعه و سنّى، اعمّ از فقهى، كلامى، حديثى، تاريخى و ... بپردازيم، وقت و صفحات فراوانى را به خود اختصاص مى‌دهد كه مجال آن نيست. بنابراين تنها به تفاوت‌هاى اصلى اشاره مى‌شود.

١. اختلاف اساسى شيعه و سنّى بر سر خلافت اسلامى و مرجعيّت دينى است. اهل سنّت، امامت را به عنوان رهبرى اجتماع قبول دارند؛ ولى امامت به معناى مرجعيّت دينى و به معنى ولايت را نمى‌پذيرند. اهل تسنّن براى هيچ كس، حتّى براى ابوبكر، عمر و عثمان چنين منصبى را قائل نيستند. از اين رو، عصمت را در امام و خليفه لازم نمى‌دانند؛ ولى شيعه، امامان خود را معصوم از خطا مى‌دانند. از اين رو استاد مطهّرى (ره) اختلاف سنّى و شيعه را در بحث امامت ريشه‌اى مى‌داند و مى‌گويد:

آن چيزى كه شيعه به نام امامت معتقد است، غير از آن چيزى است كه آنها به نام امامت معتقدند. آنچه اهل تسنّن به نام امامت معتقدند، يك شأن دنيايى امامت است. امام همان حاكم ميان مسلمانان است. فردى از ميان مسلمانان كه بايد او را براى حكومت انتخاب كنند. آنها بيش از حكومت بالا نرفتند؛ ولى امامت در شيعه مسئله‌اى است تالى تلو نبوّت و بلكه از بعضى از درجات نبوّت بالاتر است.

در هر صورت امامت نزد اهل تسنّن يك مسئله فرعى مثل نماز خواهد بود؛ امّا امامت در شيعه مفهومى است نظير نبوّت. در حقيقت ولايت ادامه نبوّت است. از اين رو بايد در كنار نبوّت و به عنوان يكى از اصول و پايه‌هاى دين مطرح گردد.

شيعيان پيرو حضرت على (ع) و معتقد به جانشينى بى‌واسطه آن حضرت بعد از پيامبر گرامى (ص) و نصّ و تصريح ولايت آن حضرت در «غدير خم» از طرف پيامبر اكرم (ص) مى‌باشند كه در پى آن، ايشان مردم را در صحراى گرم و سوزان «خُم» متوقّف كرد و با بيان خطبه‌اى، از جمله فرمود: «من كنت مولاه فهذا على مولاه؛ هر كس من مولا و ولى او بوده‌ام، على مولا و ولى او است ...» و به همين مناسبت آيه ٦٢، «سوره مائده» نازل شد و حديث ياد شده، در منابع و كتاب‌هاى معتبر اهل تسنّن نيز نقل شده است.

به اعتقاد شيعيان ولايت و امامت حضرت على بن ابى‌طالب (ع) در قرآن كريم نيز مورد تأكيد قرار گرفته و شأن نزول «آيه ٥٥، سوره مائده» كه به «آيه ولايت» معروف است- و نيز بسيارى ديگر از آيات قرآن كريم درباره حضرت على (ع) مى‌باشد.

شيعه معتقد است كه پس از امام على (ع)، امامان معصوم (ع) يكى پس از ديگرى جانشين پيامبر (ص) و بيان كننده قرآن و احكام الهى هستند و معتقدند كه تمام وظايف و شئون پيامبر (ص) به جز دريافت وحى تشريعى، براى آنان ثابت است. به همين جهت احكام و معارف اسلامى را از آنان دريافت نموده و پيرو مكتب اهل بيت (ع) مى‌باشند.