بخش ديگري از احاديث تفسيري كه در آثار امام خمینی نقل شده‌اند، احاديثي است كه غالباً داراي مضامين عرفاني است و نمي‌توان در منابع دست اول حديثي شيعه و اهل‌سنت، اثري از آن يافت. اين دسته از روايات غالباً در آثار عرفاني، تفسيري و... اهل‌سنت يافت مي‌شود؛ هر‌چند بعضي از اين احاديث، بعداً به كتب شيعه نيز راه پيدا كرده است. آثاري چون فتوحات مكيه ابن‌عربي، احياء علوم‌الدين غزالي، شرح فصوص‌الحكم قيصري و مصباح‌الانس فناري، از اين دسته‌اند.

در اين آثار، رواياتي وجود دارد كه منبع نقل آن‌ها معلوم نيست. به نظر مي‌رسد، احاديث اين كتاب‌ها از متون پيشين صوفيه و منابع ناشناختة ديگر اخذ شده باشد.

از آن‌جا که محک امام در پذیرش و نقل این روایات، صحت مضمون و کشف نورانیت آن است، ایشان بدون بررسي سندي و بدون آن‌كه به منبع اولية اين احاديث توجه كنند، صرفاً با بررسي مضموني و کشف نورانیت آن، آن‌ها را نقل كرده‌اند. نمونه‌هاي زير از اين دسته‌اند:

ـ كانَ أخِي موسي عَينُه اليُمني عَمياءَ و أخي عيسي عَينُه اليُسري عَمياءَ و أنا ذُوالعَينَين.[٢١٨]

این حدیث از میان کتب شیعی فقط در تفسیر بیان‌السعاده آن هم با کمی اختلاف آمده است.[٢١٩]

ـ الطُّرُقُ الَى الله بِعَدَدِ انْفاسِ الْخَلائِق.[٢٢٠]

این جمله در منابع حدیثی اوليه یافت نشد. ملا‌هادی سبزواری اين جمله را با تعبیر «و قد قال الحکماء و العرفاء: الطرق إلی الله بعدد أنفاس الخلائق»[٢٢١] نقل کرده است.

[٢١٤]. سرّ‌الصلوة معراج‌السالكين و صلوة‌العارفين، ص ٩٢؛ صحيفة امام، ج‌٣، ص ٢٢٦؛ التعليقة على الفوائد الرضويه، ص٧١؛ شرح دعاء السحر، ص١٠.

[٢١٥]. بيان السعادة في مقامات العبادة، ج‌٤، ص ٩٩ و ١٢٧.

[٢١٦]. سرالصلوة، ص٥؛ آداب الصلوة، ص١٠.

[٢١٧]. شرح الاسماء الحسنی، ج ١، ص٢٤٥.