نیروی دریایی امریکا و به تدریج با درخواست امریکا، ناوگان نظامی برخی دیگر از کشورهای عضو پیمان ناتو وارد منطقه شدند، طوری که تا آخر این دوره (آبان١٣٦٦) مجموع کشتی های جنگی امریکا در منطقه خلیج فارس و دریای عمان به ٣٨ کشتی جنگی و ٦ مین روب و مجموع کشتی های جنگی انگلیس، فرانسه، ایتالیا، هلند و ... به ٣١ کشتی جنگی و ١٦ مین روب رسید[٩٠٨]، وضعیتی که تا این زمان سابقه نداشت.

دو ماه مرداد و شهریور ١٣٦٦ با چند مورد برخورد کشتی ها به مین و حملة اشتباهی یا برنامه ریزی شدة هواپیمای عراقی به ناو استارک امریکا سپری شد و درگیری مستقیمی بین قوای نظامی ایران و امریکا رخ نداد تا اینکه در آستانة سخنرانی رئیس جمهوری اسلامی ایران در مجمع عمومی سازمان ملل و برای تحت الشعاع قرار دادن آن، هلی کوپترهای امریکایی کشتی تدارکاتی ایران - اجر را هدف قرار دادند و چند تن از خدمه آن را شهید و بقیه را اسیر کردند[ر.ک به کتاب٥٠ روزشمار جنگ -٣٠/٦/١٣٦٦]. امریکایی ها پس از چند روز کشتی ایران - اجر را غرق نمودند و ادعا کردند که این کشتی در حال مین گذاری در خلیج فارس بوده است. این اقدام نیروی دریایی امریکا، آغاز دوره ای از درگیری های مستقیم و غیرمستقیم نظامی امریکا و ایران است که بیش از یک ماه به طول انجامید.

پس از حمله به کشتی ایران - اجر، روز اول مهر ١٣٦٦ یک هلی کوپتر امریکایی به تعقیب سه قایق گشتی نیروی دریایی سپاه پرداخت و حتی سه موشک به سوی قایق ها شلیک کرد که به آنها اصابت نکرد. روز سوم مهر مجلس سنای امریکا تصویب کرد که نیروی دریایی امریکا حق دارد هر کشتی ایرانی را که سعی کند مانع از عبور هر کشتی حامل یک شهروند امریکایی شود، غرق کند[٤٣] و روز بعد نیروی دریایی امریکا با قرار دادن مواد منفجره در کشتی ایران - اجر آن را منفجر و به قعر خلیج فارس فرستاد.[٦٢]

در پی اقدام امریکا در حمله به کشتی غیرنظامی ایران - اجر، کشتن و اسیر کردن خدمة کشتی و سپس انهدام آن، مسئولان جمهوری اسلامی، امریکا را تهدید به تلافی کردند و آقای هاشمی در نماز جمعه ١٠/٧/١٣٦٦ احتمال درگیری با امریکا را در خلیج فارس قوی اعلام کرد و گفت: برای ما امروز هیچ هدفی شیرین تر و مطلوب تر و اسلامی تر از جنگیدن در مقابل تهاجم امریکایی ها نیست ... امروز همه می دانند که امریکا نخستین گلوله را در جنگ علیه ما شلیک کرد[١٧١]. سخنان آقای هاشمی انعکاس وسیعی در رسانه ها داشت، از جمله مطبوعات انگلیس این بیانات را جنگجویانه ترین بیانیه ایران علیه امریکا و نشانة افزایش تشنج در منطقه و نزدیکی درگیری میان دو کشور عنوان کردند.[١٧٢]

از سوی دیگر، تعدادی از قایق های نیروی دریایی سپاه تحرکاتی را شروع کردند که فرماندة نیروی دریایی سپاه آن را مانور و تمرینی به منظور دفاع از جزیره خارک و حوزه های نفتی ایران اعلام کرد[١٨٤]، اما مقامات رسمی امریکا آن را تهدیدی علیه عربستان خواندند و منابع خبری