سال ١٣٤٨ نظريه جايگزين خود براى رژيم پهلوى يعنى حكومت اسلامى و ولايت فقيه را تدريس كرد. روحانيان انقلابى با انتشار آن با عنوان كتاب ولايت فقيه حركت خود را استمرار بخشيدند و تحت رهبرى امام (ره) تا سقوط رژيم پهلوى فعاليت خود را با ايثار و فداكارى فراوان پى گرفتند.
از جمله شخصيتهاى برجسته اين جريان از روحانيت، مى‌توانيم از شهيد سيد محمد رضا سعيدى، شهيد سيد اسداللَّه مدنى، شهيد مرتضى مطهرى، شهيد سيد محمدحسين بهشتى، شهيد سيد على اندرزگو، شهيد محمد منتظرى، مرحوم ربانى املشى، مرحوم ربانى شيرازى، آيت اللَّه خامنه‌اى، آيت اللَّه هاشمى رفسنجانى، آيت اللَّه طالقانى و آيت اللَّه منتظرى نام ببريم. آيت اللَّه خامنه‌اى در مشهد از جمله اركان استوار مبارزه عليه رژيم به حساب مى‌آمد و ضمن تدريس علوم دينى به ويژه تفسير قرآن و تربيت طلاب انقلابى، مبارزه عليه رژيم پهلوى و افكار انحرافى مانند تفكر انجمن حجتيه را پى مى‌گرفت.
هسته اصلى نهضت روحانيت، كه پس از سال ١٣٤١ به رهبرى امام خمينى (ره) آغاز شد، متشكل از همين جريان روحانيت بود و آنان بودند كه با كمك اقشار مختلف مردم و به ويژه استادان، دانشجويان و دانش‌آموزان مذهبى وانقلابى، بار سنگين انقلاب اسلامى را بر دوش مى‌كشيدند.
لازم است از فعاليتهاى ضد رژيم مراجعى نظير آيت اللَّه محمد هادى ميلانى در مشهد و بهاء الدين محلاتى در شيراز ياد كرد. «١» ٣. روحانيت مخالف ميانه رو اين جريان از روحانيت با اينكه استبداد رژيم پهلوى را بر نمى‌تافتند، به مبارزه قهرآميز و براندازى نظام شاهنشاهى نيز معتقد نبودند. روحانيان مخالف ميانه‌