جناح دوم خرداد (مشهور به چپ)، كنترل اوضاع از دست آنان خارج شد و با حضور افراد و گروههاى ضد انقلاب و نظام جمهورى اسلامى به آشوب و فتنه خيابانى كشيده شد. گرچه مخالفان انقلاب تلاش كردند تا از اين فرصت بدست آمده، ضربات اساسى بر نظام جمهورى اسلامى وارد كنند، امّا با هوشيارى رهبر معظم انقلاب اسلامى و حماسه حضور مردمى در خيابان‌ها به حمايت از نظام اين فتنه خنثى شد.
ضعف درك و تحليل درست سياسى از اوضاع كشور و بهانه دادن به دست دشمنان داخلى و خارجىِ انقلاب براى انتقام‌گيرى از آن و ناشى گرى دفتر تحكيم وحدت در اين حادثه ضربه بزرگى به اين تشكيلات دانشجويى وارد كرد.
در واقع با توجه به فرايند تحولات در اتحاديه انجمن‌هاى اسلامى دانشجويان سراسر كشور، تاريخچه اين گروه را مى‌توان به دو دوره تقسيم كرد:
١. از سال ١٣٥٨ تا ١٣٧٥: در اين دوره دفتر تحكيم ضمن اتخاذ مواضع انقلابى و انتقادى نسبت به دولت‌هاى وقت با پيروى از ولايت فقيه اقدامات مهمى را- كه قبلًا بيان شد- به انجام رساند، امّا به تدريج با گذشت زمان با اهداف و شعارهاى اوليه انقلاب زاويه گرفت. گفتمان حاكم بر انجمن‌هاى اسلامى در اين دوره گفتمان «اسلامى- انقلابى» است و شاخص‌هاى آن، نبرد حق و باطل، ظلم ستيزى، عدالت خواهى، استكبار ستيزى و مانند آن.
٢. از سال ١٣٧٥ به بعد: در اين دوره بويژه پس از دوم خرداد ١٣٧٦ نوعى فاصله‌گيرى دفتر از آرمان‌هاى امام خمينى و اهداف مطرح در مرامنامه آن مشاهده مى‌شود. تلاش براى برگزارى مراسم سالگرد ١٣ آبان و ١٦ آذر به صورت مستقل و بدون همراهى با دولت، نقد جريان ارزشى و اصول گرا، آشوب ١٨ تير ١٣٧٨ و حضور در جبهه دوم خرداد را در كارنامه دفتر تحكيم در اين زمان داريم. گفتمان حاكم بر انجمن‌هاى اسلامى در اين دوره گفتمان «اسلام‌