تصويب لايحه انجمن‌هاى ايالتى و ولايتى و قيام ١٥ خرداد در مسير مخالفت و اعتراض عليه استبداد قرار گرفتند. تداوم مبارزه آنان و نيز مخالفت با رفراندم انقلاب سفيد به دستگيرى آنان انجاميد. همزمان با اوج‌گيرى انقلاب در سال ١٣٥٦ ش. اعضاى نهضت نيز فعاليت خود را پى گرفتند، اما در مقابل مشى قاطعانه و انقلابى امام خمينى، بر شيوه مبارزه مسالمت‌آميز تأكيد داشتند.
آنان با اصل نظام سلطنت مخالفت نداشتند. «١» مهندس بازرگان رهبر نهضت در آستانه پيروزى انقلاب با سفر به پاريس تلاش كرد امام را به مبارزه مسالمت‌آميز در چارچوب قانون اساسى مشروطه وا دارد، اما امام نپذيرفت. «٢» با تشكيل دولت موقت به دليل سابقه مبارزاتى و وجهه اسلامى، مهندس بازرگان در رأس دولت موقت قرار گرفت. در جريان ارتداد اعضاى جبهه ملى، امام خمينى از اعضاى نهضت خواست كه صف خود را از آنان جدا كنند، اما بازرگان چنين نكرد. «٣» از آن پس نهضت آزادى در موضع اپوزيسيون نظام قرار گرفته و به انتقاد و مخالفت پرداخته است. اين گروه در جريان جنگ تحميلى، پس از فتح خرمشهر، زمزمه‌هاى مخالفت با استمرار جنگ را آغاز كرد و عملكردى كه شايسته آن برهه حساس باشد، ازخود نشان نداد. نهضت آزادى به دليل عملكرد منفى، گرايش به آمريكا و مبانى التقاطى در سال ١٣٦٦ ش. در پى نامه وزير كشور وقت سيد على‌اكبر محتشمى‌پور به امام خمينى غير قانونى اعلام شد. امام (ره) در بخشى از نامه خود آورده‌اند:
... نهضت به اصطلاح آزادى طرفدار جدّى وابستگى كشور ايران به آمريكاست و در اين باره از هيچ كوششى فرو گذار نكرده است